grundvatten ekosystem är de viktigaste källorna till dricksvatten över hela världen men de hotas av förorening och överexploatering. Petroleumutsläpp står för den vanligaste föroreningskällan och den höga kolbelastningen resulterar i anoxi och branta geokemiska gradienter. Mikrober spelar en viktig roll vid omvandlingen av petroleumkolväten till mindre giftiga ämnen. För att undersöka mikrobiella populationer på singelcellsnivå är fluorescens in situ hybridisering (FISH) nu en väletablerad teknik. Nyligen har dock katalyserad reporter deponering (kort) – fisk införts för detektering av mikrober från oligotrofa miljöer. Icke desto mindre utgör petroleumförorenade akviferer ett värsta fall för FISKTEKNIKER på grund av kombinationen av hög bakgrundsfluorescens av kolväten och närvaron av små mikrobiella celler orsakade av de låga omsättningshastigheter som är karakteristiska för grundvattensekosystem. Det är därför inte förvånande att studier av mikroorganismer från sådana platser huvudsakligen baseras på odlingstekniker, fingeravtryck och amplicon-sekvensering. Men för att avslöja befolkningsdynamiken och interspeciesförhållandena hos de viktigaste deltagarna i föroreningsnedbrytning är fisk ett oumbärligt verktyg. I denna studie utvecklades ett protokoll för fisk i kombination med cellkvantifiering med hjälp av ett automatiserat räkningsmikroskop. Protokollet innefattar separation och rening av mikrobiella celler från sedimentpartiklar, cellpermeabilisering och slutligen KORTFISK i en mikrovågsugn. Som ett principiellt bevis visades fördelningen av Archaea och bakterier i 60 sedimentprover som tagits över föroreningsplummen i en akvifer (Leuna, Tyskland), som har varit kraftigt förorenad med flera tiotusen ton petroleumkolväten sedan andra världskriget.