installera och använda checkm
se projektets hemsida för användningsinformation och installationsanvisningar: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki
Vi rekommenderar inte att du installerar checkm från huvudgrenen. Detta kan vara instabilt. Installera en officiell utgåva av CheckM eller använd pip.
Estimating quality of HLR genomes
Information om att få förbättrade kvalitetsuppskattningar för HLR (Patescibacteria) genom kan hittas här:https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/Workflows#using-HLR-marker-set
Migration till Python 3
CheckM har portats till Python 3 för att rymma Python 2 som når slutet av livet i januari 1, 2020. CheckM >=1.1.0 kräver Python 3. Python 2 stöds inte längre aktivt. Ber om ursäkt för eventuella problem som detta kan orsaka.
massivt tack vare baudrly, Vini Salazar och Asaf Peer för initial Python 2 till 3 portning.
Python 2 till 3 validering
portning av CheckM till Python 3 var validering på en uppsättning av 1000 genom slumpmässigt välja från gtdb R89 representativa genom. Resultaten jämfördes med de som genererades med CheckM v1.0. 18, Den sista Python 2-versionen av CheckM. Identiska resultat erhölls för metoderna’ lineage_wf’,’ taxonomy_wf ’och’ ssu_finder ’ över denna uppsättning testgenom. Andra CheckM-metoder har utförts på en liten uppsättning 3-genom för att verifiera att de körs till färdigställande under Python 3.
borttagen funktionalitet
följande funktioner har tagits bort från CheckM v1.1.x för att förenkla kodbasen och fokus CheckM och supportförfrågningar om kritisk funktionalitet:
- bin_qa_plot: icke-kritisk, sällan använd plot som inte skalar till det stora antalet MAGs som nu återvinns
- par_plot: icke-kritisk plot och samma information presenteras bättre i referensfördelningsdiagrammen
- cov_pca, tetra_pca: alternativ till dessa statiska tomter finns i verktyg som Anvi ’ o
- len_plot: sällan används tomt som till stor del är överflödig med len_hist och nx_plot tomter
- bin_union, bin_compare: funktionsrikt alternativ finns nu som das Tool och UniteM
felrapporter
rapportera buggar genom GitHub problem systemet.
