4.1 Protein science, från en aminosyra till sekvenser och strukturer
proteiner är stora, komplexa molekyler som spelar kritiska roller för att upprätthålla den normala funktionen av den mänskliga kroppen. De är viktiga inte bara för strukturen och funktionen utan också regleringen bland kroppens vävnader och organ. Proteiner består av hundratals mindre enheter som kallas aminosyror som är fästa vid varandra genom peptidbindningar och bildar en lång kedja.
4.2 Protein aktiva platser
vanligtvis lokaliseras det aktiva stället för ett protein på dess centrum och nyckeln till dess funktion. Det första steget är detektering av aktiva ställen på proteinytan och en exakt beskrivning av deras egenskaper och gränser. Dessa specifikationer är viktiga ingångar för efterföljande mål druggability förutsägelse eller mål jämförelse. De flesta av algoritmerna för aktiv platsdetektering baseras på geometrisk modellering eller energiska funktioner baserad beräkning.
4.3 proteinfickornas roll
formen och egenskaperna hos proteinytan bestämmer vilka interaktioner som är möjliga med ligander och andra makromolekyler. Fickor är en viktig men tvetydig egenskap hos denna yta. Under läkemedelsupptäcktsprocessen är det första steget i screening för blyföreningar och potentiella molekyler som läkemedel vanligtvis ett urval av bindningsfickans form. Form spelar en roll i många beräkningsfarmakologiska metoder. Baserat på befintliga resultat berodde de flesta funktioner som var viktiga för att förutsäga läkemedelsbindning på bindningsfickans storlek och form, med de kemiska egenskaperna av sekundär betydelse. Ytformen är också viktig för interaktioner mellan protein och vatten. Att definiera diskreta fickor eller möjliga interaktionsställen är dock fortfarande oklart, på grund av formen och placeringen av närliggande fickor påverkade promiskuitet och mångfald av bindningsställen. Eftersom de flesta fickor är öppna för lösningsmedel, att definiera gränsen för en ficka är den primära svårigheten. De som är stängda för lösningsmedel hänvisar vi till som begravda håligheter. Med fördelen av väldefinierad omfattning, område och volym är begravda håligheter enklare att lokalisera. Däremot definierar gränsen för en öppen ficka sin mun och den ger avskärningen för bestämning av ytarea och volym. Även att definiera fickan som en uppsättning rester definierar inte volymen eller fickans mun.
4.4 Druggability Roll prediction
i läkemedelsindustrin är den nuvarande prioriteringsstrategin för målbedömning screening med hög genomströmning (HTS). NMR-screenings appliceras mot stora sammansatta dataset. Kemiska egenskaper hos föreningar som binder mot specifika mål mäts, så hur väl föreningsuppsättningarna binder till det kemiska utrymmet bestämmer bindningseffektiviteten. Framgångsgraden för praktiskt taget dockning av de läkemedelsliknande liganderna till de aktiva platserna för målproteinerna skulle detekteras för prioritering, medan de flesta aktiva platserna ligger vid fickorna.
med fördelarna med stora mängder strukturdata har beräkningsmetoder från olika perspektiv för prediktion av druggbarhet införts under de senaste 30 åren med positiva resultat, som ett viktigt instrument för att påskynda förutsägelsens tillgänglighet. Många kandidater har integrerats i drug discovery pipeline redan sedan dess.
