sedan dess ursprungliga utveckling 2006 har CHARMM-GUI visat sig vara en idealisk webbaserad plattform för att interaktivt bygga komplexa system och förbereda sina ingångar med väletablerade och reproducerbara simuleringsprotokoll för toppmoderna biomolekylära simuleringar med hjälp av allmänt använda simuleringspaket som CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond och OpenMM. CHARMM-GUI – utvecklingsprojektet har antagits allmänt för olika ändamål och innehåller nu ett antal olika moduler utformade för att skapa ett brett spektrum av biomolekylära simuleringssystem i Ingångsgenerator. Många originalmoduler utvecklades som en egen insats, men vi har etablerat nära samarbeten med utvecklarna av CHARMM och andra MD-simuleringspaket för tillägg av nyare moduler.
vår filosofi inom CHARMM-GUI-utveckling handlar mindre om att tillhandahålla muttrar och bultar för molekylär modellering, men fokuserar istället på att hjälpa användare att uppnå en uppgift, som att bygga ett membransystem eller lösa ett protein, genom att tillhandahålla ett strömlinjeformat gränssnitt. Denna designprincip hjälper oss att tänka på arbetsflödet kritiskt när vi utformar gränssnittet, vilket leder till att CHARMM-GUI är tillgängligt för användare med liten erfarenhet av modelleringsverktyg och förblir användbar för experter, särskilt för batchgenerering av system. CHARMM-GUI har använts av många forskare, och det är ett välkänt verktyg i biomolekylära modellering och simulering samhällen (se Google Scholar citat).
utvecklingsprojektet CHARMM-GUI pågår fortfarande. Dessa funktioner är inte bara baserade på förfrågningar från allmänna användare och utvecklare, men också på ett framväxande behov av en enhetlig plattform för att förbereda och genomföra olika avancerade simuleringsmetoder som har utvecklats och kommer att utvecklas av många utvecklare i olika simuleringsgemenskaper och paket. CHARMM-GUI kommer att fortsätta att hjälpa experter och icke-expertforskare från ett bredare spektrum av modellerings-och simuleringsgemenskapen att bygga de komplexa biomolekylära systemen av deras intresse och förbereda inmatningsfilerna för all allmän och avancerad modellering och simulering genom det stora och unika omfattningen av CHARMM-GUI-funktionalitet. Det kommer också att ge en effektiv one-stop online-resurs för det biomedicinska forskarsamhället att utföra innovativ och ny biomolekylär modellering och simuleringsforskning.
Besök vårt COVID-19-Arkiv för insamling av SARS-CoV-2-proteinsystem.
Följ CHARMM-GUI på Twitter: https://twitter.com/CharmmGui.
CHARMM-GUI-servern kommer att vara nere för underhåll på lördag, Mars 27th från 1:00-2: 00 PM (EDT).
CHARMM-GUI kommer att kräva att skapa ett användarkonto från en vecka efter underhållet.
