Bowdre arbetade som cowboy på rancherna Thomas Yerby och Pete Maxwell som kriget fortsatte, liksom att vara en aktiv deltagare. Bowdre gifte sig med en tjugofem år gammal mexikansk kvinna, Manuela Herrera, några månader före hans död.

Manuela var en syster till Doc Scurlocks fru, Mar Kubana Antonia Miguela Herrera, känd som Antonia. Det faktum att han nyligen gifte sig när han dog antyder kanske att han skulle ha varit mindre benägna att ha varit inblandad i gängets aktiviteter under de få veckorna som gick mellan hans äktenskap och hans död.i December 1880 var Charlie Bowdre redo att sluta rida med Billy The Kid och ge upp för mordet på Buckshot Roberts, men han gick fortfarande med i resten av gänget på ett uppdrag att bakhåll Pat Garrett i Fort Sumner.

en vapenstrid följde, men Bowdre och de flesta av barnens gängmedlemmar flydde levande. Den 23 December hölls dock gänget i ett stenhus vid Stinking Springs, New Mexico.

vid gryningen kom Bowdre fram för att mata hästarna och var full av gevärsniglar av Garrett ’ s posse, som hade omringat byggnaden på natten. Senare samma dag gav Billy The Kid och hans partners upp. Efter att ha blivit full av kulor föll han tillbaka in i dörren där, på uppmaning av Billy The Kid att ”ta några av dem med dig när du dör”, Bowdre gjorde en tapper utgång.

tyvärr var han redan för svag och nära döden vid den tiden och kunde inte få sin pistol ur sitt hölster. Under de sista sekunderna av sitt liv snubblade han och föll mot Garrett och upprepade frasen, ” Jag önskar…Jag önskar…”

hans kvarlevor återlämnades till sin fru, och han begravdes bredvid Tom O ’ Folliard, en annan medlem av Billys gäng. De förenades senare av Billy själv, efter att han dödades i juli 1881.