Charles Elton utbildades vid Liverpool College och Oxford University, från vilken han tog examen i zoologi 1922, med en första i sitt fältforskningsprojekt och en tredjedel i tentorna, och där han därefter hade hela sin akademiska karriär. Under sina studier vid Oxford konceptualiserade han sina tankar om djurekologi och syftade till att förvandla naturhistoria till ekologins vetenskap genom att tillämpa vetenskapliga metoder för att studera djurens liv i deras naturliga livsmiljöer och interaktioner med miljön.1921, medan han fortfarande var grundutbildning, hjälpte Elton Julian Huxley på en expedition till Spitsbergen, där han gjorde en ekologisk undersökning av arktiska ryggradsdjur. Detta fortsatte han på ytterligare tre arktiska expeditioner 1923, 1924 och 1930. Han tillbringade också tid på fältarbete i St.Kilda, Skottland. Hans arktiska erfarenhet ledde till ett konsultföretag med Hudson ’ s Bay Company 1926-1931 för att studera fluktuerande populationer av djurarter av intresse för pälshandeln. Han gjorde senare liknande studier av brittiska mus-och vole-populationer. Han tillbringade många år på fältforskning i Wytham Woods, Oxford.
Eltons tidiga karriär påverkades av Alexander Carr-Saunders, Victor Ernest Shelford och Gordon Hewitt. 1922 skrev Alexander Carr-Saunders the Population Problem: A Study of Human Evolution, där han beskriver hur påverkan av överbefolkning hos människor har kaskad effekter på växt-och djurliv runt om i världen. Elton tillämpade senare dessa tankar om fluktuationer på djur. Victor Ernest Shelford skrev djursamhällen i tempererat Amerika 1913, där han skisserar tre huvudprinciper för ekologi: (1) betoning på vikten av att studera fysiologi organismen, snarare än fysiologi ett visst organ, (2) utvärdering av ”fenomen beteende och fysiologi” i förhållande till de naturliga miljöerna, och (3) förhållandet mellan ekologi växtlivet till djurlivet. I Gordon Hewitt1921-boken bevarande av vilda djur i Kanada, Elton märkte kanadensiska lodjur och snöskohare befolkningscykler och utvecklade större förståelse för befolkningsfluktuationer i arktiska ryggradsdjur med Hudson ’ s Bay Company.1932 grundade Elton Bureau of Animal Population i Oxford, som blev ett centrum för insamling av data om fluktuationer i djurpopulationer. Samma år grundades Journal of Animal Ecology, med Elton som sin första redaktör. År 1936 utsågs han till läsare i djurekologi vid Oxford University, och Corpus Christi College valde honom till seniorforskare. Under andra världskriget anfördes Bureau of Animal Population av Agricultural Research Council att hitta effektiva metoder för att kontrollera råttor, möss och kaniner. Efter andra världskriget startade Elton en 20-årig undersökning av djur och deras relationer på Oxford University Wytham estate, som täcker de i ängar, skogar och vatten. Efter sin pensionering gjorde han några studier i tropiskt Amerika.
Eltons stora intresse för naturvård och problem i förvaltningen av naturreservat ledde honom till att vara avgörande för att inrätta Naturvårdsrådet 1949. Han valdes till ledamot av Royal Society 1953 och fick sällskapets Darwin-medalj 1970.
