Efter rasupploppet 1919, när svarta kämpade tillbaka mot vita attacker som en del av stadsvåldet i många städer under Röd sommar, arbetade Johnson som forskare för National Urban League och 1921 blev han Ligans forskningschef. Under sin tid med National Urban League grundade han också tidningen Opportunity som ett utlopp för svart uttryck inom konsten. Han var en huvudforskare och författare för Chicago Commission on Race Relations för sin rapport om upploppet. Periodens tidningar hade rapporterat att anstiftarna till stor del var etniska irländare som försökte upprätthålla ekonomisk och social dominans över Svarta I Södra Chicago; Johnson noterade att afroamerikaner hade gjort uppror mot förnekandet av ekonomiska och sociala möjligheter. Hans arbete var grundläggande för Negern i Chicago: en studie av rasrelationer och ett rasupplopp (1922), publicerad av University of Chicago Press. Det ansågs vara en klassisk modell för omfattande kommissionsrapporter.
På 1920-talet flyttade Johnson till New York City, där han blev forskningschef för National Urban League. Han var en ”entreprenör av Harlem Renaissance”, den kreativa rörelsen av afroamerikanska författare och artister från den tiden. Han redigerade två tidskrifter som publicerade många författare under perioden och etablerade priser på National Urban League för att känna igen unga författare. I Harlem argumenterade han för svarta artister som säger att de måste använda sina egna erfarenheter som grund för sin kreativitet och avvisa europeiska standarder. Hans mål var att förbättra Negers självbild och karaktär, och han kände att genom att skriva kunde de uppnå detta.
återgå till SouthEdit
Johnson längtade efter att återvända till söder, inte bara för att studera rasrelationer utan för att ändra dem. 1926 flyttade han till Nashville och tog en position som ordförande för Sociologiska institutionen vid Fisk University, en historiskt svart högskola. Där skrev eller regisserade han många studier av hur kombinerade juridiska, ekonomiska och sociala faktorer skapade en förtryckande rasstruktur. Två av hans verk har blivit klassiker: Skuggan av plantagen (1934) och växer upp i det svarta bältet (1940).1929 rapporterade en amerikansk missionär i Liberia att liberianska tjänstemän använde soldater för att samla stamfolk som skickades till ön Fernando Po som tvångsarbetare.Den liberianska regeringen förnekade anklagelserna och bjöd in en League of Nations undersökningskommission.Cuthbert Christy av Storbritannien ledde kommissionen.Johnson var USA: s representant. Liberias tidigare President Arthur Barclay representerade sitt land. Kommissionen började arbeta den 8 April 1930. Resultatet av undersökningarna var en frispråkig rapport som lämnades in i September 1930.It fann att arbetarna hade rekryterats ” under förutsättning att kriminellt tvång knappast skiljer sig från slavräder och slavhandel.”Som ett resultat av Christy-rapporten avgick President Charles D. B. King och vice president Allen N. Yancy båda.1930 tilldelades Johnson Harmonpriset för vetenskap, för sitt arbete the Negro in American Civilization.1946 utsågs Johnson till den första svarta presidenten för Fisk University. Han lockade enastående fakultet, inklusive författaren Arna Bontemps, James Weldon Johnson, Aaron Douglas och others.In 1946 var Johnson en av 20 amerikanska lärare utvalda för att ge råd om utbildningsreformer i det ockuperade Japan. Han var också konsult för flera vita huskonferenser relaterade till ungdomar i det amerikanska samhället och medlem i first Board of Foreign Scholarships för Fulbright-programmet.Johnson levde för att fira landmärket Högsta domstolens beslut Brown v.Board of Education (1954), som bestämde att rasegregering i de offentliga skolorna var författningsstridig. Han spelade en nyckelroll i ansträngningarna att genomföra beslutet inför ”massivt motstånd” i söder. Hans och hans kamraters arbete bidrog också till införandet av federal lagstiftning om medborgerliga rättigheter i mitten av 1960-talet.
Han var medlem i Alpha Phi Alpha broderskap. Han var också chartermedlem i Zeta Rho-kapitlet i Phi Mu Alpha Sinfonia music broderskap, chartrad på Fisk 1953.
Johnson dog oväntat 1956. Han reser med tåg från Nashville till New York när han fick en hjärtattack på plattformen vid ett stopp i Louisville, Kentucky. Han var 63 år gammal.
