Description Portugals

charmm angle-stilen använder potentialen

med en ytterligare Urey_Bradley-term baserad på avståndet \(r\) mellande första och tredje atomerna i vinkeln. \(K\), \(\theta_0\),\(K_{ub}\) och \(R_{ub}\) är koefficienter definierade för varje angletype.

se (MacKerell) för en beskrivning av CHARMM kraftfält.

följande koefficienter måste definieras för varje vinkeltyp via kommandot angle_coeff som i exemplet ovan, eller idatafilen eller starta om filer som läses av kommandona read_dataor read_restart:

• \(K\) (energi)

• \(\theta_0\) (grader)

• \(k_{ub}\) (energi/avstånd^2)

• \(r_{UB}\) (avstånd)

\(\theta_0\) anges i grader, men LAMMPS omvandlar det toradians internt; därför \(k\) är effektivt energi perradian^2.

stilar med gpu, intel, kk, omp eller opt suffix ärfunktionellt samma som motsvarande stil utan suffixet.De har optimerats för att köra snabbare, beroende på din availablehardware, som diskuteras på hastighet paket docpage. De accelererade stilarna tar samma argument och bordeproducera samma resultat, förutom avrundnings-och precisionsproblem.

dessa accelererade stilar är en del av GPU -, user-INTEL -, KOKKOS -, USER-OMP-och OPT-paketen. De är bara aktiverade ifLAMMPS byggdes med dessa paket. Se sidan Build package doc för mer info.

Du kan ange de accelererade stilarna uttryckligen i ditt inmatningsskriptgenom att inkludera deras suffix, eller du kan använda kommandoradsväljaren-suffix när du åberopar LAMMPS, eller du kan använda kommandot suffix i ditt inmatningsskript.

se Speed packages doc-sidan för merinstruktioner om hur du använder de accelererade stilarna effektivt.