odată cu Bătălia de la Trafalgar și prăbușirea speranțelor Franceze de invazie, Cotton a preluat comanda mai multor nave staționate în largul Tagus în Portugalia. După invazia franceză a Iberiei, Cotton a sprijinit îndeaproape apărarea portugheză și, ulterior, Armata sub Sir Arthur Wellesley care a luptat la Bătălia de la Vimeiro. Amiralul Cotton, nou promovat, s-a opus Convenției de la Sintra care a pus capăt campaniei și a refuzat să recunoască dispoziția care a permis escadrilei Ruse blocate din Lisabona trecerea în siguranță înapoi în Rusia. Menținând blocada asupra obiecțiilor aliaților și dușmanilor deopotrivă, Cotton l-a forțat în cele din urmă pe amiralul rus să accepte o revizuire a tratatului în care navele sale au rămas legal rusești, dar vor fi ținute într-un stat dezarmat într-un port britanic pe durata ostilităților Anglo-ruse.
în 1808, Cotton a rămas în afara Portugaliei și a amenajat Lisabona ca principal port pentru invazia britanică a Iberiei mai târziu în an. De asemenea, a planificat și executat extracția pe mare a celor 30.000 de oameni din Sir John Moorearmata prinsă în Galicia. Planurile lui Cotton au permis unei flote să transporte pentru a îndepărta marea majoritate a armatei după ce au învins urmărirea Franceză strânsă la Bătălia de la Corunna. La sfârșitul anului, Cotton a fost rechemat în Marea Britanie.în 1810, Cotton a fost ales ca înlocuitor al Lordului Collingwood la comanda Flotei Mediteraneene după moartea subită a lui Collingwood. Acesta a fost al doilea cel mai înalt comandament maritim din marină, iar Cotton a continuat blocada strânsă a flotei franceze din Toulon și a extins operațiunile de pe mare împotriva trupelor franceze care operau în sudul Spaniei. La mijlocul anului 1811, Cotton a fost rechemat în Marea Britanie și a preluat comanda flotei canalului de la Lord Gambier la pensionarea acestuia din urmă. Cotton era în post doar cinci luni când la 23 februarie 1812 s-a prăbușit și a murit de apoplexie în Plymouth după ce a inspectat flota în dane de iarnă.Cotton a supraviețuit soției sale și celor patru copii ai lor. Lady Cotton s-a născut Philadelphia Rowley (n ca 1763 d 1855), fiica amiralului Sir Joshua Rowley 1st Bt și nepoata amiralului flotei Sir William Rowley. Rowleys erau deja o dinastie navală proeminentă, cu trei baronete câștigate de membrii individuali ai familiei. Cotton s-a căsătorit cu Philadelphia Rowley în 1798. Dintre cei patru copii ai lor, fiul cel Mare a devenit Sir St Vincent Cotton, al 6-lea Baronet (1801-1863) la vârsta de 10 ani. (S-a căsătorit doar cu puțin timp înainte de moartea sa 1863, iar baronetul a dispărut odată cu moartea sa în ianuarie 1863). Fiica sa Marie Susanna Rowley mai târziu Lady King (d. 1871) a fost a doua soție a viceamiralului Sir Richard King, Al 2-lea Bt, începând din 1822 și a avut mai mulți copii cu el.Cotton a fost înmormântat la Biserica Landwade din Cambridgeshire, familia sa ridicându-i un memorial în Madingley. Memorialul său de către monumentalul Mason Flaxman a fost ridicat în biserica parohială Cambridgeshire.
