Prefetching paralel pentru simulările Monte Carlo ale ansamblului canonic

pentru a permite simulări moleculare la scară largă, algoritmii trebuie să utilizeze eficient procesoare multicore care continuă să crească în numărul total de nuclee în timp cu viteze de ceas relativ stagnante. Deși software-ul de dinamică moleculară paralelizată (MD) a profitat de această tendință în hardware-ul computerului, perturbațiile cu o singură particulă cu Monte Carlo (MC) sunt mai dificil de paralelizat decât actualizările la nivel de sistem în MD folosind descompunerea domeniului. În schimb, prefetching reconstruiește lanțul Markov serial după calcularea mai multor încercări MC în paralel. Simulările canonice ale ansamblului MC ale unui fluid Lennard-Jones cu prefetching au dus la până la un factor de 1,7 accelerare folosind 2 fire și un factor de 3 accelerare folosind 4 fire. Sunt discutate strategii pentru maximizarea eficienței simulărilor de prefetching, inclusiv beneficiul potențial contraintuitiv al probabilităților reduse de acceptare. Determinarea probabilității optime de acceptare pentru o simulare paralelă este simplificată prin predicția teoretică din datele de simulare serială. În cele din urmă, codul open-source complet pentru simulările prefetch paralele a fost pus la dispoziție în Free Energy and advance Sampling Simulation Toolkit (FEASST).

Lasă un răspuns

Adresa ta de email nu va fi publicată.