ecosistemele subterane sunt cele mai importante surse de apă potabilă la nivel mondial, dar sunt amenințate de contaminare și supraexploatare. Deversările de petrol reprezintă cea mai comună sursă de contaminare, iar sarcina ridicată de carbon are ca rezultat anoxia și gradienții geochimici abrupți. Microbii joacă un rol major în transformarea hidrocarburilor petroliere în substanțe mai puțin toxice. Pentru a investiga populațiile microbiene la nivel celular unic, hibridizarea fluorescentă in situ (FISH) este acum o tehnică bine stabilită. Recent, cu toate acestea, a fost introdusă depunerea reporter catalizată (CARD)-FISH pentru detectarea microbilor din mediile oligotrofice. Cu toate acestea, acviferele contaminate cu petrol prezintă un scenariu cel mai nefavorabil pentru tehnicile piscicole datorită combinației de fluorescență de fond ridicată a hidrocarburilor și prezenței celulelor microbiene mici cauzate de ratele scăzute de rotație caracteristice ecosistemelor subterane. Prin urmare, nu este surprinzător faptul că studiile asupra microorganismelor din astfel de situri se bazează în mare parte pe tehnici de cultivare, amprentare și secvențiere amplicon. Cu toate acestea, pentru a dezvălui dinamica populației și relațiile interspecifice ale participanților cheie ai degradării contaminanților, peștele este un instrument indispensabil. În acest studiu, a fost dezvoltat un protocol pentru FISH în combinație cu cuantificarea celulelor folosind un microscop automat de numărare. Protocolul include separarea și purificarea celulelor microbiene din particulele de sedimente, permeabilizarea celulelor și, în final, peștele de carte într-un cuptor cu microunde. Ca dovadă a principiului, distribuția Arheei și a bacteriilor a fost prezentată în 60 de probe de sedimente prelevate de-a lungul penei contaminante a unui acvifer (Leuna, Germania), care a fost puternic contaminat cu câteva zece mii de tone de hidrocarburi petroliere de la Al Doilea Război Mondial.