instalarea și utilizarea checkm

vă rugăm să consultați pagina principală a proiectului pentru detalii de utilizare și instrucțiuni de instalare: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki

nu recomandăm instalarea checkm din ramura principală. Acest lucru poate fi instabil. Vă rugăm să instalați o versiune oficială a CheckM sau de a folosi pip.

estimarea calității genomurilor CPR

informații despre obținerea unor estimări de calitate îmbunătățite pentru genomii CPR (Patescibacteria) pot fi găsite aici:https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/fluxuri de lucru#folosind-CPR-marker-set

migrarea la Python 3

CheckM a fost portat la Python 3 pentru a găzdui Python 2 ajungând la sfârșitul vieții la 1 ianuarie, 2020. CheckM>=1.1.0 necesită Python 3. Python 2 nu va mai fi acceptat în mod activ. Ne cerem scuze pentru orice probleme acest lucru poate provoca.

mulțumiri masive pentru baudrly, Vini Salazar, și Asaf Peer pentru Python inițială 2 la 3 portare.

validarea Python 2 la 3

portarea CheckM la Python 3 a fost validarea pe un set de 1.000 de genomi selectați aleatoriu din genomii reprezentativi GTDB R89. Rezultatele au fost comparate cu cele generate cu CheckM v1.0.18, ultima versiune Python 2 a CheckM. Rezultate identice au fost obținute pentru metodele’ lineage_wf’, ‘taxonomy_wf’ și ‘ssu_finder’ din acest set de genomi de testare. Alte metode CheckM au fost executate pe un set mic de 3 genomi pentru a verifica dacă rulează până la finalizare sub Python 3.

funcționalitate eliminată

următoarele caracteristici au fost eliminate din CheckM v1.1.x, în scopul de a simplifica baza de cod și să se concentreze checkm și cererile de sprijin pe funcționalitate critică:

• bin_qa_plot: non-critice, complot rar folosit, care nu scară la un număr mare de MAGs acum recuperate
• par_plot: complot non-critice și aceleași informații sunt mai bine prezentate în parcelele de distribuție de referință
• cov_pca, tetra_pca: alternative la aceste parcele statice există în instrumente, cum ar fi Anvi ‘ o
• len_plot: complot rar folosit, care este în mare măsură redundante cu parcelele len_hist și nx_plot
• bin_union, bin_compare: caracteristică alternativă bogat există acum, cum ar fi instrumentul DAS și UniteM

rapoarte de erori

vă rugăm să raportați bug-uri prin intermediul sistemului de probleme GitHub.