de la dezvoltarea sa inițială în 2006, CHARMM-GUI sa dovedit a fi o platformă web ideală pentru a construi interactiv sisteme complexe și pentru a pregăti intrările lor cu protocoale de simulare bine stabilite și reproductibile pentru simulări biomoleculare de ultimă generație folosind pachete de simulare utilizate pe scară largă, cum ar fi CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond și OpenMM. Proiectul de dezvoltare CHARMM-GUI a fost adoptat pe scară largă în diverse scopuri și conține acum o serie de module diferite concepute pentru a configura o gamă largă de sisteme de simulare biomoleculare în generatorul de intrare. Multe module originale au fost dezvoltate ca un efort intern, dar am stabilit colaborări strânse cu dezvoltatorii charmm și alte pachete de simulare MD pentru adăugarea de module mai noi.
filozofia noastră în dezvoltarea CHARMM-GUI este mai puțin despre furnizarea piulițelor și șuruburilor modelării moleculare, ci s-a concentrat pe ajutarea utilizatorilor să realizeze o sarcină, cum ar fi construirea unui sistem de membrană sau rezolvarea unei proteine, oferind o interfață simplificată. Acest principiu de proiectare ne ajută să ne gândim critic la fluxul de lucru atunci când proiectăm interfața, ceea ce face ca CHARMM-GUI să fie accesibil utilizatorilor cu puțină experiență în instrumentele de modelare și rămâne util experților, în special pentru generarea în serie a sistemelor. CHARMM-GUI a fost folosit de mulți cercetători și este un instrument bine recunoscut în comunitățile de modelare și simulare biomoleculară (a se vedea citările Google Scholar).
proiectul de dezvoltare CHARMM-GUI este încă în curs de desfășurare. Aceste funcționalități nu se bazează doar pe solicitările utilizatorilor și dezvoltatorilor generali, ci și pe nevoia emergentă de o platformă unificată pentru a pregăti și executa diverse abordări avansate de simulare care au fost dezvoltate și vor fi dezvoltate de mulți dezvoltatori în diverse comunități și pachete de simulare. CHARMM-GUI va continua să ajute cercetătorii experți și non-experți dintr-o gamă mai largă a comunității de modelare și simulare să construiască sistemele biomoleculare complexe de interesul lor și să pregătească fișierele de intrare pentru orice modelare și simulare generală și avansată prin domeniul larg și unic al funcționalității CHARMM-GUI. De asemenea, va oferi o resursă online unică eficientă pentru comunitatea de cercetare biomedicală pentru a efectua cercetări inovatoare și noi de modelare și simulare biomoleculară.
vizitați arhiva noastră COVID-19 pentru colectarea sistemelor proteice SARS-CoV-2.
urmați CHARMM-GUI pe Twitter:https://twitter.com/CharmmGui.
serverul CHARMM-GUI va fi oprit pentru întreținere sâmbătă, 27 martie între orele 1:00 – 2:00 PM (EDT).
CHARMM-GUI va necesita pentru a crea un cont de utilizator de la o săptămână după întreținere.
