Bowdre a lucrat ca cowboy la fermele lui Thomas Yerby și Pete Maxwell pe măsură ce războiul a continuat, precum și ca participant activ. Bowdre s-a căsătorit cu o mexicană de douăzeci și cinci de ani, Manuela Herrera, cu câteva luni înainte de moartea sa. Manuela a fost sora soției lui Doc Scurlock, Antonia Miguela Herrera, cunoscută sub numele de Antonia. Faptul că a fost căsătorit recent când a murit sugerează probabil că ar fi fost mai puțin probabil să fi fost implicat în activitățile bandei în cele câteva săptămâni care au trecut între căsătoria sa și moartea sa.

până în decembrie 1880, Charlie Bowdre era gata să renunțe la călărie cu Billy The Kid și să se predea pentru uciderea lui Buckshot Roberts, dar s-a alăturat în continuare restului bandei într-o misiune de ambuscadă Pat Garrett în Fort Sumner.

a urmat o luptă cu armele, dar Bowdre și majoritatea membrilor bandei Kid au scăpat cu viață. Cu toate acestea, pe 23 decembrie, banda a fost ascunsă într-o casă rock din Stinking Springs, New Mexico.

în zori, Bowdre a apărut pentru a hrăni caii și a fost ciuruit cu gloanțe de pușcă de potera lui Garrett, care înconjurase clădirea noaptea. Mai târziu în acea zi, Billy The Kid și partenerii săi au renunțat. După ce a fost plin de gloanțe, a căzut înapoi în ușă, unde, la îndemnul lui Billy the Kid să „ia câțiva dintre ei cu tine când mori”, Bowdre a făcut o ieșire curajoasă.

Din păcate, era deja prea slăbit și aproape de moarte în acel moment și nu și-a putut scoate arma din toc. În ultimele secunde ale vieții sale s-a împiedicat și a căzut spre Garrett repetând fraza: „Îmi doresc…Aș vrea eu…”

rămășițele sale au fost returnate soției sale și a fost înmormântat lângă Tom O ‘ Folliard, un alt membru al bandei lui Billy. Li s-a alăturat mai târziu Billy însuși, după ce a fost ucis în iulie 1881.