după Revolta Rasială din 1919, când negrii au luptat împotriva atacurilor albe ca parte a violenței urbane din numeroase orașe în timpul verii roșii, Johnson a lucrat ca cercetător pentru Liga Națională urbană și în 1921 a devenit directorul de cercetare al Ligii. În timpul petrecut cu Liga Națională Urbană, a fondat și revista oportunitate ca priză pentru expresia neagră în arte. A fost cercetător principal și autor al Comisiei pentru Relații rasiale din Chicago pentru raportul său despre revoltă. Ziarele perioadei au raportat că instigatorii erau în mare parte etnici irlandezi care încercau să mențină dominația economică și socială asupra negrilor din sudul Chicago; Johnson a menționat că afro-americanii s-au răzvrătit împotriva negării oportunităților economice și sociale. Opera sa a fost fundamentală pentru Negrul Din Chicago: un studiu al relațiilor rasiale și o revoltă rasială (1922), publicat de University of Chicago Press. A fost considerat un model clasic pentru rapoartele cuprinzătoare ale Comisiei.în anii 1920, Johnson s-a mutat la New York, unde a devenit director de cercetare pentru Liga Națională urbană. A fost un „antreprenor al Renașterii Harlem”, mișcarea creativă a scriitorilor și artiștilor afro-americani din acea vreme. A editat două reviste care au publicat mulți scriitori ai perioadei și a stabilit premii la Liga Națională urbană pentru a recunoaște tinerii scriitori. În Harlem, el a susținut artiștii negri spunând că trebuie să-și folosească propriile experiențe ca bază pentru creativitatea lor, respingând standardele europene. Scopul său a fost de a îmbunătăți imaginea de sine și caracterul negrilor și a simțit că, scriind, ar putea realiza acest lucru.
întoarceți-vă la Sudedit
Johnson tânjea să se întoarcă în sud, nu numai pentru a studia relațiile rasiale, ci și pentru a le schimba. În 1926 s-a mutat la Nashville, ocupând o funcție de președinte al Departamentului de Sociologie la Universitatea Fisk, un colegiu istoric negru. Acolo a scris sau a regizat numeroase studii despre modul în care factorii legali, economici și sociali combinați au produs o structură rasială opresivă. Două dintre lucrările sale au devenit clasice: Umbra plantației (1934) și crescând în centura neagră (1940).
în 1929, un misionar American din Liberia a raportat că oficialii liberieni foloseau soldați pentru a aduna oameni tribali care erau expediați pe insula Fernando Po ca muncitori forțați.Guvernul Liberian a negat acuzațiile și a invitat o comisie de anchetă a Ligii Națiunilor.Cuthbert Christy din Marea Britanie a condus comisia.Johnson a fost reprezentantul Statelor Unite. Fostul președinte al Liberiei Arthur Barclay și-a reprezentat țara. Comisia a început să lucreze la 8 aprilie 1930. Rezultatul anchetelor a fost un raport deschis prezentat în septembrie 1930.It a constatat că muncitorii au fost recrutați „în condiții de constrângere criminală, greu de distins de raidurile de sclavi și comerțul cu sclavi.”Ca urmare a raportului Christy, președintele Charles D. B. King și vicepreședintele Allen N. Yancy au demisionat.în 1930 Johnson a primit Premiul Harmon pentru știință, pentru munca sa negrul în civilizația Americană.în 1946 Johnson a fost numit primul președinte negru al Universității Fisk. El a atras facultate restante, inclusiv autorul Arna Bontemps, James Weldon Johnson, Aaron Douglas și others.In în 1946, Johnson a fost unul dintre cei 20 de educatori americani selectați pentru a consilia cu privire la reforma educațională din Japonia ocupată. De asemenea, a fost consultant pentru mai multe conferințe de la Casa Albă legate de tineretul din societatea americană și membru al primului Consiliu de burse străine pentru Programul Fulbright.Johnson a trăit pentru a sărbători decizia Curții Supreme Brown v.Board of Education (1954), care a decis că segregarea rasială în școlile publice era neconstituțională. El a jucat un rol cheie în efortul de a pune în aplicare decizia în fața „rezistenței masive” din sud. Munca sa și cea a colegilor săi au contribuit, de asemenea, la adoptarea legislației federale privind drepturile civile de la mijlocul anilor 1960.
a fost membru al fraternității Alpha Phi Alpha. El a fost, de asemenea, membru fondator al capitolului Zeta Rho al Phi Mu Alpha Sinfonia music fraternity, Închiriat la Fisk în 1953.Johnson a murit pe neașteptate în 1956. Călătorea cu trenul de la Nashville la New York când a avut un atac de cord pe peron la o oprire în Louisville, Kentucky. Avea 63 de ani.