Chauncy s-a născut în clasa comercianților puritani de elită care a condus Boston, Massachusetts. Străbunicul său, Charles Chauncy, după care a fost numit, a fost al doilea președinte al Colegiului Harvard. Tatăl său a fost un comerciant de succes din Boston. Chauncy a fost educat la Boston Latin School și la Harvard, unde a primit atât diploma de licență, cât și masterul în teologie. În 1727, Chauncy a fost hirotonit ministru asistent al Primei Biserici din Boston, cea mai veche biserică Congregațională din oraș și una dintre cele mai importante din Noua Anglie. În 1762, Chauncy a devenit pastor al Primei Biserici. A slujit congregației timp de 60 de ani până la moartea sa.Chauncy a fost un adversar al primei Mari treziri, care a împărțit bisericile congregaționale între facțiunile de lumină veche și lumină nouă. În calitate de lider al vechilor lumini, Chauncy s-a pronunțat împotriva entuziasmului religios stârnit de predicatorii Renașterii. Chauncy a fost, de asemenea, un lider al opoziției împotriva numirii unui episcop Anglican pentru coloniile americane. În timpul Revoluției Americane, el a susținut cauza Patriot prin predici și broșuri. Potrivit cercetătorilor de studii religioase Norman și Lee Gibbs, Chauncy merită titlul de”teolog al Revoluției Americane”.Chauncy a fost membru fondator al Academiei Americane de Arte și științe (1780) și a primit o diplomă onorifică de doctor în divinitate de la Universitatea din Edinburgh. El a fost recunoscut de Societatea Istorică din Massachusetts (când portretul său a fost atârnat acolo) ca „eminent pentru talentele sale, învățarea și iubitul libertății, civile și religioase.”