4.1 știința proteinelor, de la un aminoacid la secvențe și structuri
proteinele sunt molecule mari, complexe, care joacă roluri critice pentru a menține funcționarea normală a corpului uman. Ele sunt esențiale nu doar pentru structură și funcție, ci și pentru reglarea țesuturilor și organelor corpului. Proteinele sunt alcătuite din sute de unități mai mici numite aminoacizi care sunt atașați unul de celălalt prin legături peptidice, formând un lanț lung.
4.2 situsuri active proteice
De obicei, situsul activ al unei proteine se localizează în centrul său de acțiune și, cheia funcției sale. Primul pas este detectarea siturilor active pe suprafața proteinei și o descriere exactă a caracteristicilor și limitelor acestora. Aceste specificații sunt intrări vitale pentru predicția ulterioară a druggability țintă sau compararea țintă. Majoritatea algoritmilor pentru detectarea activă a site-ului se bazează pe modelarea geometrică sau calculul bazat pe caracteristici energetice.
4.3 rolul buzunarelor proteice
forma și proprietățile suprafeței proteice determină ce interacțiuni sunt posibile cu liganzii și alte macromolecule. Buzunarele sunt o caracteristică importantă, dar ambiguă, a acestei suprafețe. În timpul procesului de descoperire a medicamentelor, primul pas în screeningul compușilor de plumb și a moleculelor potențiale ca medicamente este de obicei o selecție a formei buzunarului de legare. Forma joacă un rol în multe metode farmacologice computaționale. Pe baza rezultatelor existente, cele mai multe caracteristici importante pentru prezicerea legării medicamentelor au depins de dimensiunea și forma buzunarului de legare, cu proprietățile chimice de importanță secundară. Forma suprafeței este, de asemenea, importantă pentru interacțiunile dintre proteine și apă. Cu toate acestea, definirea buzunarelor discrete sau a posibilelor site-uri de interacțiune rămâne încă neclară, datorită formei și locației buzunarelor din apropiere afectate promiscuitate și diversitate de site-uri de legare. Deoarece majoritatea buzunarelor sunt deschise solventului, definirea marginii unui buzunar este principala dificultate. Cele închise la solvent ne referim la cavități îngropate. Cu beneficiul extinderii, zonei și volumului bine definite, cavitățile îngropate sunt mai ușor de localizat. În schimb, marginea unui buzunar deschis îi definește gura și asigură tăierea pentru determinarea suprafeței și a volumului. Chiar și definirea buzunarului ca un set de reziduuri nu definește volumul sau gura buzunarului.
4.4 Druggability role prediction
în industria farmaceutică, strategia prioritară actuală pentru evaluarea țintelor este screeningul cu randament ridicat (HTS). Proiecțiile RMN sunt aplicate împotriva seturilor de date compuse mari. Caracteristicile chimice ale compușilor care se leagă de ținte specifice sunt măsurate, deci cât de bine se leagă seturile de compuși de spațiul chimic va decide eficiența legării. Ratele de succes ale andocării practic a liganzilor asemănători medicamentului în siturile active ale proteinelor țintă ar fi detectate pentru prioritizare, în timp ce majoritatea siturilor active situate la buzunare.
cu beneficiile unei cantități mari de date structurale, în ultimii 30 de ani au fost introduse metode de calcul din diferite perspective pentru predicția drogabilității, cu rezultate pozitive, ca instrument vital pentru accelerarea accesibilității predicției. Mulți candidați au fost integrați în drug discovery pipeline deja de atunci.
