Description

stilul angle charmm folosește potențialul

cu un termen Urey_Bradley suplimentar bazat pe distanța \(r\) dintre primul și al treilea atom din unghi. \(K\), \(\theta_0\),\(k_{ub}\) și \(R_{ub}\) sunt coeficienți definiți pentru fiecare tip de unghi.

A se vedea (MacKerell) pentru o descriere a câmpului de forță CHARMM.

următorii coeficienți trebuie definiți pentru fiecare tip de unghi prin comanda angle_coeff ca în exemplul de mai sus, sau în fișierul de date sau fișierele de repornire citite de comenzile read_dataor read_restart:

• \(K\) (energie)

• \(\theta_0\) (grade)

• \(k_{ub}\) (energie/distanță^2)

• \(R_{UB}\) (distanță)

\(\theta_0\) este specificat în grade, dar lammps îl convertește toradieni intern; prin urmare \(K\) este efectiv energie perradian^2.

stilurile cu un sufix gpu, intel, KK, omp sau opt sunt funcțional la fel ca stilul corespunzător fără sufix.Acestea au fost optimizate pentru a rula mai repede, în funcție de disponibilehardware, așa cum sa discutat pe pachete de viteză docpage. Stilurile accelerate iau aceleași argumente și ar trebuiproduce aceleași rezultate, cu excepția problemelor rotunde și de precizie.

aceste stiluri accelerate fac parte din pachetele GPU, USER-INTEL, KOKKOS,user-OMP și OPT, respectiv. Acestea sunt activate numai ifLAMMPS a fost construit cu aceste pachete. Consultați pagina Build package doc pentru mai multe informații.

puteți specifica explicit stilurile accelerate în scriptul de intrare prin includerea sufixului lor sau puteți utiliza comutatorul liniei de comandă-sufix când invocați LAMMPS sau puteți utiliza comanda thesuffix în scriptul de intrare.

vezi pachete de viteză pagina doc pentru mai multeinstrucțiuni cu privire la modul de utilizare a stilurilor accelerate în mod eficient.