com a batalha de Trafalgar e o colapso das esperanças francesas de invasão, Cotton assumiu o comando de vários navios estacionados ao largo do Tejo em Portugal. Após a invasão francesa da Ibéria, Cotton apoiou de perto as defesas portuguesas e, posteriormente, o exército de Sir Arthur Wellesley que lutou na batalha de Vimeiro. Almirante Cotton, recém-promovido, opôs-se à Convenção de Sintra, que terminou a campanha e se recusou a reconhecer a disposição que permitiu que o bloquearam russo esquadrão, em Lisboa, a passagem segura de volta para a Rússia. Mantendo o bloqueio sobre as objeções de aliados e inimigos, Cotton eventualmente forçou o Almirante russo a concordar com uma revisão do tratado em que seus navios permaneceram legalmente russos, mas seriam mantidos em um estado desarmado em um porto britânico durante as hostilidades Anglo-russas.em 1808, o algodão permaneceu ao largo de Portugal e organizou Lisboa como o principal porto para a invasão britânica da Ibéria no final do ano. Ele também planejou e executou a extração dos 30.000 homens do exército de Sir John Moore presos na Galícia. Os planos de Cotton permitiram que uma frota transportasse para remover a grande maioria do exército depois que eles tinham derrotado a perseguição francesa na batalha de Corunna. No final do ano, o algodão foi chamado para a Grã-Bretanha.em 1810, o algodão foi escolhido como substituto de Lord Collingwood no comando da frota Mediterrânica após a morte súbita de Collingwood. Este foi o segundo comando de alto mar mais alto da Marinha, e Cotton continuou o bloqueio próximo da frota francesa em Toulon e expandiu as operações a partir do mar contra as tropas francesas que operam no sul da Espanha. Em meados de 1811, Cotton foi chamado para a Grã-Bretanha e assumiu o comando da Frota do canal de Lord Gambier na aposentadoria deste último. Cotton estava no Posto apenas cinco meses quando, em 23 de fevereiro de 1812, ele entrou em colapso e morreu de apoplexia em Plymouth depois de inspecionar a frota em seus berços de Inverno.Cotton sobreviveu à sua mulher e aos seus quatro filhos. Lady Cotton nasceu na Filadélfia Rowley, filha do almirante Sir Joshua Rowley 1. ° Bt e neta do Almirante da frota Sir William Rowley. Os Rowley já eram uma proeminente dinastia naval, com três baronetas conquistadas por membros individuais da família. Cotton casou-se com Philadelphia Rowley em 1798. Dos seus quatro filhos, o filho mais velho tornou-se Sir São Vicente Cotton, 6º Baronete (1801-1863) aos 10 anos de idade. (Casou-se pouco antes de sua morte em 1863, e o baronete se extinguiu com sua morte em janeiro de 1863). Sua filha Marie Susanna Rowley, mais tarde Lady King (M. 1871), foi a segunda esposa do Vice-Almirante Sir Richard King, 2 ° Bt, A partir de 1822, e teve vários filhos com ele.Cotton foi enterrado na Igreja de Landwade em Cambridgeshire com sua família erguendo um memorial para ele em Madingley. Seu memorial pelo monumental mason Flaxman foi erguido na Igreja Paroquial de Cambridgeshire.