como Instalar e usar CheckM
por Favor, consulte a página inicial do projeto para detalhes de utilização e instruções de instalação: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki
não recomendamos a instalação do CheckM a partir do branch master. Isto pode ser instável. Por favor, instale uma versão oficial do CheckM ou use o pip.
Estimar a qualidade da RCP genomas
Informações sobre como obter a melhoria da qualidade das estimativas para o CPR (Patescibacteria genomas podem ser encontrados aqui:https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/Fluxos de trabalho#utilizando-cpr-marcador-set
a Migração para o Python 3
CheckM foi portado para o Python 3 para acomodar Python 2 chegando ao final de sua vida em 1 de janeiro de 2020. CheckM >=1.1.0 requer Python 3. O Python 2 não será mais suportado ativamente. Peço desculpa por quaisquer problemas que isto possa causar.graças massivas a baudrly, Vini Salazar e Asaf Peer para as versões iniciais Python 2 a 3.
A validação do Python 2 para 3
a transferência do CheckM para o Python 3 foi validada num conjunto de 1000 genomas seleccionados aleatoriamente a partir dos genomas representativos do GTDB R89. Os resultados foram comparados com os gerados com CheckM v1. 0. 18, a última versão Python 2 do CheckM. Foram obtidos resultados idênticos para os métodos “lineage_wf”, “taxonomy_wf” e “ssu_finder” ao longo deste conjunto de genomas de ensaio. Outros métodos CheckM foram executados em um pequeno conjunto de 3 genomas para verificar que eles correm até a conclusão sob o Python 3.
funcionalidade removida
as seguintes características foram removidas do CheckM v1. 1.x, a fim de simplificar o código base e foco CheckM e pedidos de apoio sobre a funcionalidade crítica:
- bin_qa_plot: não-críticas, raramente usado trama que não se adapta a um grande número de Gams agora a ser recuperada
- par_plot: não-crítica enredo e a mesma informação é melhor apresentado na referência de distribuição de lotes
- cov_pca, tetra_pca: existem alternativas a estes gráficos estáticos em ferramentas como Anvi’o
- len_plot: existem agora alternativas ricas em funcionalidades, como a DAS Tool e UniteM
relatórios de erros
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