4.1 Protein science, from an amino acid to sequences and structures

Proteins are large, complex molecules that playing critical roles to maintain the normal functioning of the human body. São essenciais não só para a estrutura e a função, mas também para a regulação entre os tecidos e órgãos do corpo. As proteínas são compostas por centenas de unidades menores chamadas aminoácidos que são ligadas entre si por ligações peptídicas, formando uma cadeia longa.4.2 sítios proteicos activos

Geralmente, o local activo de uma proteína localiza-se no seu centro de acção e, a chave para a sua função. O primeiro passo é a detecção de locais ativos na superfície proteica e uma descrição exata de suas características e limites. Estas especificações são elementos vitais para a previsão da drogabilidade do alvo ou para a comparação do alvo. A maioria dos algoritmos para detecção de locais ativos são baseados em modelagem geométrica ou cálculo baseado em características energéticas.4.O papel das bolsas de proteínas

a forma e as propriedades da superfície proteica determinam quais as interacções possíveis com ligantes e outras macromoléculas. Os bolsos são uma característica importante mas ambígua desta superfície. Durante o processo de descoberta de drogas, o primeiro passo na triagem de compostos de chumbo e moléculas potenciais como drogas é geralmente uma seleção da forma do bolso de ligação. Shape desempenha um papel em muitos métodos farmacológicos computacionais. Com base nos resultados existentes, a maioria das características importantes para a previsão da ligação às drogas dependia do tamanho e da forma do bolso de ligação, com as propriedades químicas de importância secundária. A forma superficial também é importante para as interações entre a proteína e a água. No entanto, a definição de bolsas discretas ou possíveis locais de interação ainda não é clara, devido à forma e localização de bolsas próximas afetou a promiscuidade e diversidade de locais de ligação. Uma vez que a maioria dos bolsos estão abertos ao solvente, definir a fronteira de um bolso é a principal dificuldade. Aqueles fechados ao solvente a que chamamos cavidades enterradas. Com o benefício de extensão bem definida, área e volume, cavidades enterradas são mais simples de localizar. Em contraste, a borda de uma bolsa aberta define sua boca e fornece o corte para a determinação da área de superfície e volume. Mesmo definindo o bolso como um conjunto de resíduos não define o volume ou a boca do bolso.na indústria farmacêutica, a actual estratégia prioritária para a avaliação do objectivo é o rastreio de alto rendimento (HTS). Os ecrãs NMR são aplicados em grandes conjuntos de dados compostos. As características químicas dos compostos que se ligam contra metas específicas são medidas, de modo que quão bem os conjuntos compostos se ligam ao espaço químico irá decidir a eficiência de ligação. Taxas de sucesso de acoplamento virtualmente dos ligandos do tipo droga para os locais ativos das proteínas alvo seriam detectados para priorização, enquanto a maioria dos locais ativos localizados nos bolsos.com os benefícios de uma grande quantidade de dados estruturais, métodos computacionais de diferentes perspectivas para a previsão da drogabilidade foram introduzidos nos últimos 30 anos com resultados positivos, como um instrumento vital para acelerar a acessibilidade da previsão. Muitos candidatos já foram integrados no “drug discovery pipeline” desde então.