Desde o seu desenvolvimento original, em 2006, CHARMM-GUI tem provado ser um ideal plataforma baseada na web, de forma interactiva, construir sistemas complexos e preparar as suas contribuições, bem estabelecido e reproduzível de simulação de protocolos para o estado-da-arte biomolecular de simulações, utilizando amplamente utilizado simulação de pacotes, tais como CHARMM, NAMD, INICIALMENTE, ÂMBAR, GÊNESIS, LAMMPS, Desmond, e OpenMM. O projeto de desenvolvimento CHARMM-GUI foi amplamente adotado para vários fins e agora contém uma série de módulos diferentes projetados para criar uma ampla gama de sistemas de simulação biomolecular no gerador de entrada. Muitos módulos originais foram desenvolvidos como um esforço interno, mas estabelecemos colaborações próximas com os desenvolvedores de CHARMM e outros pacotes de simulação MD para a adição de módulos mais novos.
nossa filosofia no desenvolvimento de CHARMM-GUI é menos sobre fornecer as porcas e parafusos de modelagem molecular, mas em vez disso focada em ajudar os usuários a alcançar uma tarefa, como a construção de um sistema de membrana ou solvar uma proteína, fornecendo uma interface racionalizada. Este princípio de design nos ajuda a pensar no fluxo de trabalho de forma crítica ao projetar a interface, o que leva a CHARMM-GUI a ser acessível aos usuários com pouca experiência em ferramentas de modelagem e permanece útil aos especialistas, especialmente para a geração de lotes de sistemas. CHARMM-GUI tem sido usado por muitos pesquisadores, e é uma ferramenta bem reconhecida nas comunidades de modelagem e simulação biomolecular (veja citações acadêmicas do Google).
The CHARMM-GUI development project is still ongoing. Essas funcionalidades não são baseadas apenas em solicitações de usuários e desenvolvedores em geral, mas também em uma necessidade emergente de uma plataforma unificada para preparar e executar várias abordagens avançadas de simulação que foram desenvolvidas e serão desenvolvidas por muitos desenvolvedores em diversas comunidades e pacotes de simulação. CHARMM-GUI continuará a ajuda de especialistas e não-especialistas pesquisadores a partir de uma gama mais ampla de modelagem e simulação comunidade para construir o complexo biomolecular sistemas de seu interesse e preparar os arquivos de entrada para qualquer gerais e avançadas de modelagem e simulação através do grande e único escopo de CHARMM-GUI funcionalidade. Também proporcionará um recurso on-line único eficaz para a comunidade de investigação biomédica realizar pesquisas inovadoras e inovadoras de modelagem e simulação biomolecular.
visite o nosso arquivo COVID-19 para a recolha de sistemas proteicos SARS-CoV-2.
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O servidor CHARMM-GUI estará disponível para manutenção no sábado, 27 de Março a partir da 1: 00-2: 00 PM (EDT).a CHARMM-GUI necessitará criar uma conta de usuário a partir de uma semana após a manutenção.
