Chauncy nasceu na classe mercante puritana de elite que governava Boston, Massachusetts. Seu bisavô, Charles Chauncy, foi o segundo presidente da Harvard College. Seu pai era um mercador de Boston de sucesso. Chauncy foi educado na Boston Latin School e em Harvard, onde recebeu seu diploma de graduação e seu mestrado em Teologia. Em 1727, Chauncy foi ordenado ministro assistente da Primeira Igreja de Boston, a mais antiga Igreja Congregacional da cidade e uma das mais importantes da Nova Inglaterra. Em 1762, Chauncy tornou-se pastor da Primeira Igreja. Ele serviu a congregação por 60 anos até sua morte.Chauncy foi um oponente do Primeiro Grande Despertar, que dividiu as igrejas congregacionais entre a Luz Antiga e as novas facções da luz. Como um líder das Velhas Luzes, Chauncy falou contra o entusiasmo religioso despertado pelos pregadores do Renascimento. Chauncy também foi um líder da oposição contra a nomeação de um bispo anglicano para as colônias americanas. Durante a Revolução Americana, ele apoiou a causa Patriota através de sermões e panfletos. De acordo com estudos religiosos estudiosos Norman e Lee Gibbs, Chauncy merece o título de “teólogo da Revolução Americana”.Chauncy foi um membro da Academia Americana de Artes e Ciências (1780) e recebeu um diploma honorário de Doutor em Divindade da Universidade de Edimburgo. Ele foi reconhecido pela Sociedade Histórica de Massachusetts (quando seu retrato foi pendurado lá) como “eminente por seus talentos, aprendizado e amante da liberdade, civil e religiosa.”