Descrição¶

O charmm ângulo de estilo usa o potencial

com um adicional de Urey_Bradley prazo, baseado na distância de \(r\) entreos primeiro e o terceiro o número de átomos no ângulo. \(K\), \(\theta_0\),\(K_{ub}\) e \(R_{ub}\) são coeficientes definidos para cada angletype.

See (MacKerell) for a description of the CHARMM forcefield.

Os seguintes coeficientes devem ser definidos para cada tipo de ângulo através theangle_coeff de comando, como no exemplo acima, ou no arquivo de dados ou reiniciar arquivos lidos pelo read_dataor read_restart comandos:

• \(K\) (energia)

• \(\theta_0\) (graus)

• \(K_{ub}\) (energia/distância^2)

• \(r_{ub}\) (distância)

\(\theta_0\) é especificado em graus, mas LAMMPS converte toradians internamente; assim \(K\) é efetivamente a energia perradian^2.

estilos com um GPU, intel, kk, omp, ou opt sufixo são funcionalmente os mesmos que o estilo correspondente sem o sufixo.Eles foram otimizados para correr mais rápido, dependendo do seu software disponível, como discutido na docpage de pacotes de Velocidade. Os estilos acelerados levam os mesmos argumentos e devem produzir os mesmos resultados, exceto para questões de arredondamento e precisão.

estes estilos acelerados fazem parte da GPU, user-INTEL, KOKKOS,USER-OMP e OPT, respectivamente. Eles só estão habilitados ifLAMMPS foi construído com esses pacotes. Veja a página do doc do pacote de compilação para mais informações.

pode indicar explicitamente os estilos acelerados no seu programa de entrada, incluindo o seu sufixo, ou pode usar a opção-sufixo da linha de comandos quando invocar os LAMMPS, ou pode usar o comando thesuffix no seu programa de entrada.

veja Speed packages doc page para mais instruções sobre como usar os estilos acelerados de forma eficaz.