analizuję kilka reakcji Dielsa-Aldera i Povarova za pomocą obliczeń QM (DFT, wykonanych na Jaguarze przez Schrodingera). Staram się rozważyć każdy możliwy produkt, aby zebrać więcej danych z wyprzedzeniem w świetle możliwej asymetrycznej zmienności, więc dla każdej reakcji mam 4 TS (każda z tylko jedną ujemną częstotliwością, która obejmuje odpowiednie atomy i potwierdzona przez IRC):
-
endo + re strona dienofila
-
endo + si strona dienofila
-
exo + re strona dienofila
-
EXO + si strona dienofila
użyję ich energii za pomocą równania Eyringa, aby, miejmy nadzieję, wyznaczyć izomeryczny preferencje.
jestem sam po tej stronie projektu, ponieważ obliczeniowe PI, z którymi mam kontakt, zajmuje się głównie odkryciami leków i projektami medchem, nie jest ekspertem w obliczeniach QM, więc w praktyce jestem samoukiem. Chciałbym omówić z wami kilka spraw:
-
Czy moje podejście jest w ogóle poprawne?
-
czy są jakieś modyfikacje, które mógłbym zrobić?
teraz prawdziwe pytanie.
próbuję odtworzyć uzyskane wyniki eksperymentalne. Jednak konsekwentnie otrzymuję niższe Energie TS z exo-TSs, podczas gdy oba endo-TSS mają nieco wyższą energię, podczas gdy powinno być odwrotnie, ponieważ z tego, co wiem, endo TS powinien być najniższy pod względem energii, ale prowadzić do termodinamicznie mniej stabilnego produktu. Szukam stosunku endo / exo w zakresie od 3: 1 do 7:1. Czy różnica jest zbyt mała, aby wykryć ją obliczeniowo?. Wypróbowałem kilka kombinacji funkcji DFT, zbiorów bazowych i warunków obliczeniowych, ponieważ reakcja odbywa się w toluenie w temperaturze -30°C (4x2x4 = 32):
