Po bitwie pod Trafalgarem i załamaniu się francuskich nadziei na inwazję, Cotton objął dowództwo nad kilkoma okrętami stacjonującymi u wybrzeży tagu w Portugalii. Po francuskiej inwazji na Iberię, Cotton ściśle wspierał portugalską obronę, a następnie armię pod dowództwem Sir Arthura Wellesleya, która walczyła w bitwie pod Vimeiro. Admirał Cotton, świeżo awansowany, sprzeciwił się Konwentowi w Sintrze, który zakończył kampanię i odmówił uznania postanowienia, które umożliwiło zablokowanie rosyjskiej eskadry w Lizbonie bezpiecznego przejścia z powrotem do Rosji. Utrzymując blokadę wobec sprzeciwu zarówno sojuszników, jak i wrogów, Cotton ostatecznie zmusił rosyjskiego admirała do wyrażenia zgody na rewizję Traktatu, w którym jego okręty pozostały legalnie rosyjskie, ale miały być przechowywane w rozbrojonym stanie w brytyjskim porcie na czas Anglo-rosyjskich działań wojennych.
w 1808 roku Cotton pozostał poza Portugalią i zorganizował Lizbonę jako główny port dla brytyjskiej inwazji na Iberię. Planował również i przeprowadził ewakuację 30 000 ludzi z armii Sir Johna Moore ’ a uwięzionych w Galicji. Plany Cottona pozwoliły flocie na usunięcie zdecydowanej większości armii po pokonaniu Bliskiego pościgu francuskiego w bitwie pod Corunną. Pod koniec roku Cotton został odwołany do Wielkiej Brytanii.
w 1810 roku Cotton został wybrany na zastępcę Lorda Collingwooda na dowódcę Floty Śródziemnomorskiej po nagłej śmierci Collingwooda. Było to drugie najwyższe dowództwo morskie w marynarce, a Cotton kontynuował ścisłą blokadę floty francuskiej w Tulonie i rozszerzył operacje z Morza przeciwko wojskom francuskim działającym w południowej Hiszpanii. W połowie 1811 roku Cotton został odwołany do Wielkiej Brytanii i po przejściu na emeryturę Lorda Gambiera objął dowództwo nad flotą kanału La Manche. Cotton przebywał na tym stanowisku zaledwie pięć miesięcy, kiedy 23 lutego 1812 roku zasłabł i zmarł na apopleksję w Plymouth po inspekcji floty w jej zimowych nabrzeżach.
Cotton przeżył swoją żonę i czworo dzieci. Lady Cotton urodziła się jako Philadelphia Rowley (ur. ok. 1763, zm. 1855), córka admirała Sir Joshuy Rowleya i wnuczka admirała floty Sir Williama Rowleya. Rowleyowie byli już znaczącą dynastią morską, z trzema baronetami zdobywanymi przez poszczególnych członków rodziny. Cotton poślubił Philadelphię Rowley w 1798 roku. Z czwórki ich dzieci, najstarszym synem został Sir St Vincent Cotton, 6. Baronet (1801-1863) w wieku 10 lat. (Ożenił się dopiero na krótko przed śmiercią w 1863, a Baronet wygasł wraz z jego śmiercią w styczniu 1863). Jego córka Marie Susanna Rowley późniejsza Lady King (zm. 1871) była drugą żoną wiceadmirała Sir Richarda Kinga, od 1822 i miała z nim kilkoro dzieci.
Cotton został pochowany w Landwade church w Cambridgeshire wraz z rodziną wznoszącą ku niemu pomnik w Madingley. Jego pomnik autorstwa monumentalnego Masona Flaxmana został wzniesiony w kościele parafialnym w Cambridgeshire.
