ustalenie rozpoznania mukowiscydozy (CF) jest u większości pacjentów proste: mają wyraźny obraz kliniczny (najczęściej przewlekłe objawy ze strony układu oddechowego plus złe wchłanianie), wartość chlorku potu wynosi>60mmol/L i zidentyfikowano dwie znane choroby powodujące mutacje CFTR. U mniej niż 5% badanych, głównie tych z łagodniejszym lub ograniczonym fenotypem, proces diagnostyczny jest bardziej złożony, ponieważ wstępne wyniki testów diagnostycznych są niejednoznaczne: stężenie chlorków potu w zakresie pośrednim, poniżej 2 CF powodujące zidentyfikowane mutacje lub obie te mutacje. Pacjenci ci powinni być skierowani do ośrodków eksperckich, w których można wykonać testy biologiczne funkcji CFTR, takie jak pomiar różnicy potencjałów nosa lub pomiar prądu jelitowego. Jednak u niektórych pacjentów, pomimo objawów zgodnych z mukowiscydozą i niektórych wskazań na dysfunkcję CFTR (np. tylko pośrednia wartość chlorku potu), kryteria diagnostyczne nie są spełnione (np. zidentyfikowano tylko 1 mutację CFTR). W przypadku tych osób stosuje się termin zaburzenia związane z CFTR (CFTR-RD). Do tej kategorii mogą należeć pacjenci z rozsianym rozstrzeniem oskrzeli, wrodzonym obustronnym brakiem nasieniowodu oraz ostrym lub nawracającym zapaleniem trzustki. CF ma bardzo szerokie spektrum chorób i coraz częściej diagnozuje się je w dorosłym życiu, głównie u osób o łagodniejszych fenotypach. W wielu krajach wprowadzono ogólnokrajowe badania CF newborn screening (NBS). U dzieci z dodatnim wynikiem badań przesiewowych rozpoznanie mukowiscydozy musi zostać potwierdzone testem pot wykazującym stężenie chlorków potu powyżej 60mmol / L. Aby osiągnąć korzyści z NBS, każde dziecko, u którego potwierdzono rozpoznanie mukowiscydozy, musi otrzymać natychmiastową obserwację i leczenie w ośrodku referencyjnym mukowiscydozy. CF NBS nie jest pełnym dowodem: niektóre diagnozy zostaną pominięte, a u niektórych dzieci diagnoza nie może być potwierdzona ani wykluczona z całą pewnością. Algorytmy przesiewowe, które obejmują sekwencjonowanie genów, wykryją dużą liczbę takich dzieci, które są dodatnie z diagnozą niejednoznaczną (CFSPID). Nawet w 2016 roku najbardziej wiarygodnym i powszechnie dostępnym testem diagnostycznym dla CF jest pomiar stężenia chlorków w pocie. Metodą z wyboru jest indukcja potu za pomocą jontoforezy pilokarpinowej, a następnie pobieranie potu na gazie lub papierze filtracyjnym lub w cewce produktu. Ponieważ dostępne są terapie specyficzne dla mutacji, ważne jest zidentyfikowanie mutacji odpowiedzialnych za mukowiscydozę u każdego pacjenta.