Po wybuchu wojny, gdy wojska Gruzińskie wkroczyły do Abchazji w sierpniu 1992 roku, Konfederacja odbyła Xi sesję parlamentarną w Groznym. Jasny cel założenia tej organizacji stał się oczywisty po tej sesji. Konfederacja utworzyła oddziały szturmowe ochotników, które zostały później rozlokowane w Abchazji podczas wojny. Konfederacja zebrała około 1500 ochotników, z których połowa pochodziła podobno z Czeczenii. Doniesiono również, że znany czeczeński watażka Szamil Basajew został dowódcą sił CMPC w 1992 roku.

Prezydent Konfederacji Musa Szanibov i przewodniczący Parlamentu Iysuph Soslanbekov złożyli oficjalne oświadczenie:

„ponieważ nie ma innego sposobu na wycofanie gruzińskiej armii okupacyjnej z terytorium suwerennej Abchazji i w celu wykonania rezolucji z X sesji CMPC, zarządzamy, aby:

1. wszystkie siedziby Konfederacji muszą wysłać ochotników na terytorium Abchazji w celu militarnego rozbicia agresora.
2. wszystkie formacje wojskowe Konfederacji muszą prowadzić działania wojskowe przeciwko jakimkolwiek siłom, które się im sprzeciwiają i próbują dotrzeć na terytorium Abchazji dowolną metodą.
3. ogłosić Tbilisi jako strefę katastrofy. W tym używać wszystkich metod, w tym aktów terrorystycznych.
4. ogłosić wszystkich ludzi narodowości gruzińskiej na terytorium Konfederacji jako zakładników.
5. zatrzymuje się wszystkie rodzaje ładunków kierowanych do Gruzji.”

Główna Kwatera Konfederacji, dowodzona przez Jusupa Soslanbekova, była odpowiedzialna za wdrażanie praktycznych środków przeciwko”wrogom Abchazji”. Siły CMPC wzięły udział w operacji szturmu na Gagrę, w której zginęły setki cywilów.

3 października abchazyjskie i konfederackie formacje przeprowadziły pełny atak na wioski Kamani i Szroma (w pobliżu rzeki Gumista), który został odparty przez siły Gruzińskie.

masakra Sukhumi

27 września 1993 roku strona Abchazji naruszyła porozumienie ONZ o zawieszeniu broni (strona gruzińska zgodziła się wycofać z Sukhumi całą ciężką artylerię i czołgi w zamian za zawieszenie broni), szturmując bezbronne Sukhumi. Konfederaci wkroczyli do Sukhumi i zaczęli przeczesywać ulice miasta. Ponieważ miasto było ogarnięte ciężkimi walkami, cywile schronili się w opuszczonych domach i apartamentowcach. Część ludności cywilnej gruzińskiego pochodzenia została zmasakrowana po ich odkryciu przez Konfederatów. Późnym popołudniem pozostała część wojsk gruzińskich poddała się stronie Abchaskiej. Większość gruzińskich jeńców wojennych została stracona tego samego dnia przez abchazowskie formacje i Konfederatów. Nielicznym cywilom i personelowi wojskowemu udało się przeżyć masakrę. Masakra trwała dwa tygodnie po upadku Sukhumi (zob. czystki etniczne Gruzinów w Abchazji).