bariery fizyczne i chemiczne, które zapobiegają przedostawaniu się patogenów do tkanek naszego ciała, są często pomijane. Jak pokazuje rysunek 1, najbardziej wszechstronną barierą jest wodoodporna warstwa skóry, która pokrywa powierzchnię ciała. Ludzka skóra utrzymuje większość patogenów tak długo, jak pozostaje nienaruszona. Szybkość, z jaką skaleczenie lub draśnięcie może zostać zainfekowane, przypomina o ochronie, jaką zwykle otrzymujemy od naszej skóry.
infekcje przenoszone przez wektory (np. malarię) są przenoszone przez gryzące Bezkręgowce (np. komary) przenikające przez skórę podczas przyjmowania posiłku z krwią. Ludzie są również podatni na inwazję patogenów w powietrzu, żywności, wodzie i glebie lub podczas fizycznego kontaktu z zarażonymi ludźmi, niektórymi zwierzętami (np. świnie, psy, drób) lub ich odchody. Jak ilustruje rysunek 1, wewnętrzna powierzchnia układu oddechowego (nos, gardło, drogi oddechowe i płuca), żołądek, jelita, pęcherz i drogi rozrodcze są wyłożone błonami, które wydzielają galaretowaty śluz, stanowiąc barierę przed patogenami przedostającymi się do naszych tkanek tymi drogami. Mikroskopijne włosy zwane rzęskami tworzą linię układu oddechowego i „biją” zgodnie, aby przetoczyć śluz zawierający uwięzione patogeny w kierunku nosa i ust, gdzie mogą zostać wydalone przez kaszel i kichanie lub połknięte do żołądka, gdzie niszczy je kwas.
Rysunek 1 odnosi się do konkurencji ze strony bakterii komensalnych (czasami nazywanych „przyjaznymi bakteriami”) w jelitach i układzie rozrodczym. Bakterie komensalne są niepatogennymi mieszkańcami jelit i układu rozrodczego. Zajmują przestrzeń, która w przeciwnym razie mogłaby zostać skolonizowana przez gatunki chorobotwórcze i wykorzystują składniki odżywcze do własnego wzrostu, zmniejszając w ten sposób zasoby dostępne dla patogenów do namnażania się i wywoływania chorób.
bariery chemiczne przed zakażeniem obejmują enzymy w łzach, ślinie i śluzie, które rozkładają powierzchnię bakterii. Kwas w pocie i w żołądku zabija patogeny komórkowe, a w nasieniu znajdują się białka antybakteryjne (płyn zawierający męskie plemniki).
bardziej złożone mechanizmy układu odpornościowego są potrzebne tylko wtedy, gdy patogeny naruszają te bariery fizyczne i chemiczne.
