ekosystemy wód podziemnych są najważniejszymi źródłami wody pitnej na całym świecie, ale są zagrożone zanieczyszczeniem i nadmierną eksploatacją. Wycieki ropy naftowej stanowią najczęstsze źródło zanieczyszczenia, a wysokie obciążenie węglem powoduje niedotlenienie i strome gradienty geochemiczne. Drobnoustroje odgrywają główną rolę w przekształcaniu węglowodorów ropopochodnych w mniej toksyczne substancje. Aby zbadać populacje drobnoustrojów na poziomie pojedynczych komórek, hybrydyzacja fluorescencji in situ (FISH) jest obecnie dobrze ugruntowaną techniką. Ostatnio jednak wprowadzono catalised reporter deposition (CARD) – FISH do wykrywania drobnoustrojów ze środowisk oligotroficznych. Niemniej jednak warstwy wodonośne skażone ropą naftową stanowią najgorszy scenariusz dla technik rybnych ze względu na połączenie wysokiej fluorescencji węglowodorów w tle i obecność małych komórek drobnoustrojów spowodowaną niskimi wskaźnikami obrotu charakterystycznymi dla ekosystemów wód podziemnych. Nie jest więc zaskakujące, że badania mikroorganizmów z takich miejsc są w większości oparte na technikach uprawy, odciskach palców i sekwencjonowaniu amplikonu. Jednak aby ujawnić dynamikę populacji i relacje międzygatunkowe kluczowych uczestników degradacji zanieczyszczeń, ryby są niezbędnym narzędziem. W tym badaniu opracowano protokół dotyczący ryb w połączeniu z kwantyfikacją komórek przy użyciu automatycznego mikroskopu liczącego. Protokół obejmuje oddzielenie i oczyszczanie komórek drobnoustrojów z cząstek osadu, przenikanie komórek i wreszcie, karta-ryby w kuchence mikrofalowej. Jako dowód Zasady, rozmieszczenie archeonów i bakterii zostało pokazane w próbkach osadów 60 pobranych w pióropuszu zanieczyszczonej warstwy wodonośnej (Leuna, Niemcy), która była silnie zanieczyszczona kilkoma dziesięcioma tysiącami ton węglowodorów ropopochodnych od II wojny światowej.