automatyczne sekwencjonowanie DNA za pomocą elektroforezy kapilarnej

separacja produktów znakowanej radioaktywnie lub fluorescencyjnej reakcji sekwencjonowania dideoksydy była historycznie wykonywana w żelu z płyty poliakrylamidowej, na przykład w rodzaju stosowanym w 96-pasowej ABI 377. Wady tej metody obejmują konieczność przygotowania świeżego żelu dla każdego cyklu sekwencjonowania, ręczne ładowanie próbek do żelu, stosunkowo długi czas pracy (8 ~ 10 godzin dla rozdzielczości fragmentu DNA 1Kb) i trudności w automatycznym i / lub ręcznym śledzeniu pasów.

alternatywna metoda separacji wykorzystuje elektroforezę kapilarną. Przygotowywana jest seria standardowych reakcji sekwencjonowania DNA dideoksy, każda w jednej studzience 8-rzędowej x 12-Kolumnowej płytki 96-studzienkowej. Seria ultracienkich rurek kapilarnych (0.1 mm otwór wewnętrzny, 50 ~ 80 cm długości) są wypełnione mieszaniną kulek żywicy i umieszczone w układzie multi-kapilarnym. Jeden koniec matrycy jest zamontowany w ujemnie naładowanej płytce katodowej, tak że ich końce są dopasowane do każdej studzienki płytki próbki. Zastosowanie wysokiego napięcia powoduje, że znakowane DNA w każdej próbce wchodzi do odpowiedniej kapilary i migruje w kierunku dodatnio naładowanego zbiornika anodowego. Ze względu na stosowane wysokie napięcia separacja elektroforetyczna wymaga tylko 1 ~ 3 godzin. Podobnie jak w elektroforezie płytkowo-żelowej, mniejsze fragmenty poruszają się szybciej niż większe . Barwniki z etykietą końcową są aktywowane przez laser w oknie detektora, a długość fali fluorescencji każdego fragmentu jest odczytywana przez fotometr, gdy przechodzi on przez ustalony punkt. W przeciwieństwie do systemu slab gel, laser i fotometr są nieruchome i nieruchome i mogą aktywować i odczytywać wiele naczyń włosowatych obok siebie jednocześnie jako oddzielne strumienie danych: pozwala to uniknąć problemu śledzenia oddzielnych pasów w żelu slab. Dane dotyczące mobilności są przesyłane do komputera, a dla każdej próbki generowany jest chromatogram, który jest zasadniczo identyczny z układem żelu płytkowego.

sekwencery kapilarne zazwyczaj używają robota do automatycznego ładowania stosu płytek próbek. Układ kapilarny jest przepłukiwany buforem między płytami, dzięki czemu maszyna może być pozostawiona bez nadzoru przez wiele biegów. W największych obiektach reakcje PCR mogą być również powiązane bezpośrednio z płytkami sekwencjonującymi w zrobotyzowanych stacjach roboczych obsługujących dziesiątki lub setki sekwencerów kapilarnych. Dane chromatogramu są umieszczane na serwerze i mogą być pobierane przez użytkowników oddalonych o setki lub tysiące kilometrów. Ekonomia skali może sprawić, że tańsze będzie zlecanie sekwencjonowania DNA zamiast kupowania, utrzymywania i obsadzania maszyn wewnętrznych.