instalacja i używanie checkm

szczegóły dotyczące użycia i instrukcje instalacji znajdują się na stronie głównej projektu: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki

nie zalecamy instalowania checkm z gałęzi Master. To może być niestabilne. Zainstaluj oficjalne wydanie CheckM lub użyj pip.

Szacowanie jakości genomów CPR

informacje o uzyskaniu lepszych szacunków jakości genomów CPR (Patescibacteria) można znaleźć tutaj:https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/Workflows#using-CPR-marker-set

migracja do Pythona 3

CheckM został przeniesiony do Pythona 3, aby dostosować Python 2 do końca życia 1 stycznia, 2020. CheckM > =1.1.0 wymaga Pythona 3. Python 2 nie będzie już aktywnie wspierany. Przepraszamy za wszelkie problemy, które może to spowodować.

Ogromne podziękowania dla baudrly, Vini Salazar i Asaf Peer za początkowe portowanie Pythona 2 do 3.

Walidacja Pythona 2 do 3

portowanie CheckM do Pythona 3 było walidacją na zestawie 1000 genomów losowo wybranych z reprezentatywnych genomów gtdb R89. Wyniki porównano z wynikami wygenerowanymi za pomocą CheckM v1. 0.18, ostatniej wersji Checkm Python 2. Identyczne wyniki uzyskano dla metod „lineage_wf”, „taxonomy_wf” i „ssu_finder” w całym tym zestawie genomów testowych. Inne metody CheckM zostały wykonane na małym zestawie 3 genomów, aby zweryfikować, że działają do zakończenia pod Pythonem 3.

usunięta funkcjonalność

następujące funkcje zostały usunięte z CheckM v1.1.x w celu uproszczenia bazy kodu i skupienia żądań CheckM i wsparcia na krytycznych funkcjach:

• bin_qa_plot: niekrytyczny, rzadko używany wykres, który nie skaluje się do dużej liczby odzyskiwanych magów
• par_plot: niekrytyczny wykres i te same informacje są lepiej przedstawione w referencyjnych wykresach dystrybucji
• cov_pca, tetra_pca: alternatywy dla tych wykresów statycznych istnieją w narzędziach takich jak Anvi ’ o
• len_plot: rzadko używany wykres, który jest w dużej mierze zbędny z wykresami len_hist i nx_plot
• bin_union, bin_compare: funkcjonalna alternatywa istnieje teraz, taka jak DAS Tool i UniteM

raporty błędów

prosimy zgłaszać błędy za pośrednictwem systemu spraw GitHub.