Cheminformatics

Storage and retrievalEdit

Ta sekcja nie przytacza żadnych źródeł. Pomóż ulepszyć tę sekcję, dodając cytaty do wiarygodnych źródeł. Niezaspokojony materiał może zostać zakwestionowany i usunięty. (Luty 2020) (dowiedz się, jak i kiedy usunąć ten Komunikat szablonu)

Główny artykuł: chemiczna baza danych

podstawowym zastosowaniem cheminformatyki jest przechowywanie, indeksowanie i wyszukiwanie informacji dotyczących związków chemicznych. Skuteczne wyszukiwanie takich przechowywanych informacji obejmuje tematy, które są rozpatrywane w informatyce, takie jak eksploracja danych, wyszukiwanie informacji, ekstrakcja informacji i uczenie maszynowe. Powiązane tematy badawcze obejmują:

formaty Plikówedytuj

Główny artykuł: format pliku chemicznego

reprezentacja in silico struktur chemicznych wykorzystuje wyspecjalizowane formaty, takie jak uproszczona Specyfikacja wprowadzania linii wejściowej (SMILES) lub język znaczników chemicznych oparty na XML. Reprezentacje te są często używane do przechowywania w dużych chemicznych bazach danych. Podczas gdy niektóre formaty nadają się do reprezentacji wizualnych w dwu – lub trójwymiarowych, inne są bardziej odpowiednie do badania interakcji fizycznych, modelowania i badań dokowania.

biblioteki Wirtualneedytuj

Ta sekcja opiera się zbytnio na odniesieniach do źródeł pierwotnych. Proszę poprawić tę sekcję, dodając źródła drugorzędne lub trzeciorzędne. (Luty 2020) (dowiedz się, jak i kiedy usunąć ten Komunikat szablonu)

dane chemiczne mogą odnosić się do rzeczywistych lub wirtualnych cząsteczek. Wirtualne biblioteki związków mogą być generowane na różne sposoby, aby badać przestrzeń chemiczną i hipotezować nowe związki o pożądanych właściwościach. Wirtualne biblioteki klas związków (leki, produkty naturalne, produkty syntetyczne zorientowane na różnorodność) zostały niedawno wygenerowane przy użyciu algorytmu Fog (fragment optimized growth). Dokonano tego za pomocą narzędzi cheminformatycznych do szkolenia prawdopodobieństwa przejścia łańcucha Markowa na autentycznych klasach związków, a następnie za pomocą łańcucha Markowa do generowania nowych związków, które były podobne do bazy danych szkolenia.

Virtual screeningEdit

ten dział nie podaje żadnych źródeł. Pomóż ulepszyć tę sekcję, dodając cytaty do wiarygodnych źródeł. Niezaspokojony materiał może zostać zakwestionowany i usunięty. (Luty 2020) (dowiedz się, jak i kiedy usunąć ten Komunikat szablonu)

Główny artykuł: Wirtualny screening

w przeciwieństwie do wysokoprzepustowego screening, wirtualny screening polega na obliczaniu w bibliotekach silico związków, za pomocą różnych metod, takich jak Docking, w celu identyfikacji elementów, które mogą posiadać pożądane właściwości, takie jak aktywność biologiczna przeciwko danemu celowi. W niektórych przypadkach Chemia kombinatoryczna jest wykorzystywana w rozwoju biblioteki w celu zwiększenia wydajności w wydobywaniu przestrzeni chemicznej. Częściej przeglądana jest zróżnicowana biblioteka małych cząsteczek lub produktów naturalnych.

Quantitative structure-activity relationship (QSAR)Edit

Główny artykuł: Quantitative structure–activity relationship

jest to obliczanie ilościowych relacji structure–activity oraz ilościowych wartości własności struktury, używane do przewidywania aktywności związków z ich struktur. W tym kontekście istnieje również silny związek z chemometrią. Systemy eksperckie w dziedzinie chemii są również istotne, ponieważ reprezentują część wiedzy chemicznej jako reprezentację in silico. Istnieje stosunkowo nowa koncepcja dopasowanej analizy par molekularnych lub opartej na przewidywaniu MMPA, która jest połączona z modelem QSAR w celu identyfikacji aktywności.

KGSAU