hemIDplus (http://chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus/) jest internetowym systemem wyszukiwania, który zapewnia dostęp do plików organów struktury i nomenklatury wykorzystywanych do identyfikacji substancji chemicznych cytowanych w National Library of Medicine (NLM) bazy danych. Rdzeniem ChemIDplus są deskryptory MeSH kategorii D i dodatkowe koncepcje dla substancji chemicznych ekstrahowanych z Mesh, nagłówków medycznych NLM. ChemIDplus zapewnia również wyszukiwanie struktury i bezpośrednie linki do wielu zasobów biomedycznych w NLM i w Internecie dla interesujących substancji chemicznych. Baza danych zawiera ponad 351 000 zapisów chemicznych, z czego ponad 58 000 zawiera struktury chemiczne. ChemIDplus można przeszukiwać według nazwy / synonimu, numeru rejestru CAS, wzoru cząsteczkowego, kodu klasyfikacji, kodu lokalizatora i struktury. Aby korzystać z ChemIDplus, będziesz potrzebować:

1. przeglądarki internetowej, która zapewnia możliwości potrzebne do przyjęcia zapytania o strukturę do wtyczki. Obecnie system ten współpracuje z Netscape Navigator 3.04, 4.05 lub nowszy lub Microsoft Internet Explorer 4.01 lub nowszy, które są dostępne w Netscape lub Microsoft.
2. aby wyświetlić struktury chemiczne, potrzebujesz jednej z następujących wtyczek:
   • Chime™ Wersja 2.0 jest najnowszą wersją dostępną przez MDL Information Systems, Inc Dla Win-95/NT lub Mac (Power PC) przy użyciu Netscape Navigator 3.04 i 4.05 lub nowszych, a Microsoft Internet Explorer 4.01 lub nowszy (z wyjątkiem komputerów Mac) lub
   • Chime Wersja 1.0.2 jest również dostępna dla użytkowników z systemem Windows 3.1, Win-95 / NT, Mac (68K lub Power PC) lub IRIX przy użyciu starszych przeglądarek, takich jak Netscape Navigator 2 lub 3.01.
3. Opcjonalnie: dowolny kompatybilny pakiet rysowania struktury, taki jak ISIS™/Draw, który pozwoli na rysowanie niestandardowych zapytań o strukturę.

Po zainstalowaniu Chime kliknij prawym przyciskiem myszy na polu wprowadzania struktury na stronie wprowadzania wyszukiwania. Zostanie wyświetlone menu opcji rysowania struktury i manipulacji. Bez Wtyczki Chime, ChemIDplus nie wyświetli struktury, ale nadal będzie wyszukiwać i wyświetlać wszystkie dane tekstowe (np., Nazwa / synonim, Numer rejestru CAS, Wzór cząsteczkowy, kod klasyfikacji, Uwaga i Kod lokalizatora), a także Przeszukaj wszystkie lokalizatory z wyjścia zapytania.

wyszukaj stronę wprowadzania

Rysunek 1: wyszukaj stronę wprowadzania.

na stronie wprowadzania Wyszukiwania znajdują się cztery rozwijane menu (patrz rysunek 1):

1. Typ wyszukiwania danych: kliknij jedną z następujących opcji (menu pokazane na rysunku 1) i wprowadź wyszukiwany termin w polu zapytania, puste pole pod nim.
   • nazwa / synonim (domyślnie) – dowolna nazwa przypisana do związku, w tym nagłówki siatki i nazwy SuperList.
   • Numer rejestru-Numer rejestru CAS. Wpisz w formacie dzielonym wyrazami, np. 1746-01-6.
   • Formula_1-Wzór cząsteczkowy. Wpisz w formacie dzielonym wyrazami, np. C6-H12-O6.
   • kod klasyfikacji-ogólna kategoria przypisana do substancji chemicznej w oparciu o jej toksyczność, zastosowanie i zastosowanie, kategorię farmakologiczną i/lub terapeutyczną oraz jej status w niektórych wykazach chemicznych (np. dane dotyczące nowotworów, leki przeciwwymiotne, hormony).
   • Kod lokalizatora – nazwa bazy danych NLM lub głównego zasobu zawierającego informacje o danym związku (np. HSDB, AIDSLINE, IARC).
2. Operator logiczny
   • równa się (domyślnie)
   • zaczyna się od
   • zawiera
3. Wyświetl wyniki: ilość rekordów wyświetlanych na stronie w zakładce wyników zapytania.
   • 10 (domyślnie)
   • 25
4. Typ wyszukiwania struktury: ChemIDplus ułatwia wyszukiwanie struktury, udostępniając trzy opcje dostępne ze strony wyników zapytania, które wykorzystują wybraną strukturę z tej strony, a tym samym eliminują potrzebę rysowania zapytań o strukturę. Opcje te pozwalają użytkownikom skorzystać z możliwości przeszukiwania struktury ChemIDplus bez konieczności samodzielnego rysowania zapytań o strukturę (patrz trzy niebieskie przyciski pod kolumną ID na rysunku 3; patrz przykład zapytania o strukturę). Jednak bardziej wyrafinowani użytkownicy mogą korzystać z ISIS™ / Draw lub dowolnego kompatybilnego pakietu do rysowania struktury, aby rysować lub modyfikować zapytania o strukturę dostosowując je do ich specyfikacji. Trzy opcje dostępne na stronie wprowadzania Wyszukiwania to:
   • Wyszukiwanie podstruktury (domyślnie): struktura w polu wprowadzania będzie używana do wyszukiwania wszystkich związków mających tę „podstrukturę” i inne atomy.
   • Wyszukiwanie podobieństwa: struktura w polu wprowadzania będzie używana do wyszukiwania wszystkich związków, które zawierają cechy strukturalne, które są „podobne” w oparciu o algorytm w oprogramowaniu serwera. Użytkownik wybiera procent podobieństwa w zakresie od 50% do 100% (domyślnie 80%) na monicie. Należy pamiętać, że wynik jest w rejestrze CAS Numer/ID kolejności, a nie przez wynik podobieństwa.
   • dokładna struktura: struktura w polu wprowadzania zostanie użyta do znalezienia dokładnego dopasowania struktury w bazie danych.

zapytania dotyczące danych (lub wyszukiwanie informacji chemicznych)

Rysunek 2: Wyszukiwanie dioksyn.

aby wykonać zapytanie dotyczące substancji chemicznej, Typ wyszukiwania danych i odpowiedni operator logiczny są wybierane z menu rozwijanego po lewej stronie strony wprowadzania Wyszukiwania przed wprowadzeniem terminu zapytania. Kliknij przycisk Szukaj lub naciśnij klawisz Enter, aby rozpocząć wyszukiwanie. Strona wprowadzania pokazująca wyszukiwanie substancji dioksyn jest przedstawiona na rysunku 2.

powyższe wyszukiwanie pobiera rekord dioksyny i wyświetla wynik w formacie pokazanym na rysunku 3. Wyświetlany jest cały rekord, ponieważ do wpisanego wyszukiwania pasował tylko jeden. Jeśli więcej niż jeden rekord pasuje do wyszukiwania, Strona wyników zapytania wyświetli krótki rekord pierwszych 10 trafień. Każdy rekord wyświetlany na stronie wyników zapytania pokazuje numer ID, strukturę (jeśli jest dostępna), Numer rejestru CAS, nazwę cząsteczki i wzór cząsteczkowy. Bez wtyczki Chime wyświetlane będą tylko dane tekstowe.

Trzy opcje niebieskiego przycisku są dostępne w dolnej ramce całego wyświetlacza rekordu. Powiększ strukturę to opcja wyświetlania, która pozwala użytkownikowi otworzyć strukturę w większym oknie dla łatwiejszego przeglądania. Use Structure For Query I Use Structure for Similarity to opcje wyszukiwania, które eliminują potrzebę rysowania zapytań o strukturę, a tym samym ułatwiają wyszukiwanie struktury (zobacz zapytania o strukturę).

przycisk Pełny rekord, który pojawia się tylko w formacie krótkiego rekordu, pobiera cały rekord z bazy danych, w tym tekst i strukturę, jeśli są dostępne. Rysunek 3 przedstawia pełny zapis dioksyn.

• Struktura molekularna: wyświetlanie struktury za pomocą dzwonka, jeśli jest obecna.
• ID: Numer identyfikacyjny jest numerem rejestru CAS w formacie o stałej długości Bez wyrazów lub unikalnym numerem dla wpisów, które nie mają numerów rejestru CAS.
• nazwy i synonimy: wszystkie nazwy zestawione dla tego związku w następującej kolejności:
  • Mesh nagłówek: główny nagłówek NLM Medical Subject używany dla tej substancji.
  • nazwa Mieszaniny: Nazwa substancji wieloskładnikowej, z której jednym jest substancja pobierana.
  • nazwa substancji: najczęściej używane nazwy zawierające nazwy siatkowe i nazwy USAN.
  • nazwa Superlisty: Nazwa używana przez producenta listy chemicznej, np. EPA, FDA i NCI.
  • Synonimy: wszystkie inne nazwy znalezione dla tej substancji.
  • Nazwa systematyczna: nazwa, która zwykle opisuje strukturę molekularną substancji chemicznej.
• kody klasyfikacji: opisuje ogólną kategorię przypisaną przez dane źródło do substancji chemicznej w oparciu o jej toksyczność, zastosowanie i zastosowanie, kategorię farmakologiczną i/lub terapeutyczną oraz jej status w niektórych wykazach substancji chemicznych.
• wzory: wzór cząsteczkowy w formacie dzielonym.
• Numery rejestrowe: Wszystkie numery rejestru CAS, o których wiadomo, że są przypisywane w czasie do określonego związku.
• uwagi: tekstowy opis użycia i użyteczności związku, często ze słownictwa kontrolowanego.
• Lokalizatory: nazwy baz danych NLM i innych głównych zasobów, które zawierają informacje o danym związku. Jeśli nazwa jest hiperłączem, możesz kliknąć na nią, aby bezpośrednio przeszukać zasób według numeru rejestru CAS, A wyjście pojawi się na prawym ekranie.

kody lokalizacyjne strona

Rysunek 4: Strona Kodów Lokalizacyjnych-Dioxin.

Strona Kody lokalizacyjne zawiera listę zasobów z dodatkowymi informacjami chemicznymi poza tymi, które można znaleźć w ChemIDplus. Rysunek 4 przedstawia stronę kodów lokalizatora rekordu dioksyn. Jest to wyświetlane po kliknięciu przycisku kodów lokalizacyjnych w górnej ramce strony pełnego rekordu. Możesz kliknąć ikonę informacji (i) obok konkretnego lokalizatora, aby uzyskać opis tej bazy danych i zakres wyszukiwania. Rysunek 5 przedstawia informacje na temat lokalizatora MEDLINE. Kliknij na jeden z hiperłączy lokalizatorów (np., MEDLINE), aby bezpośrednio przeszukiwać ten zasób w poszukiwaniu informacji na temat dioksyn według numeru rejestru CAS. Rysunek 6 pokazuje wyjście MEDLINE na prawym ekranie (patrz znacznik flagi na lewym ekranie).

gdy znajdziesz się w bazie danych, możesz dostosować wyszukiwanie do swoich potrzeb. Zwróć uwagę na ikonę flagi na lewym ekranie oznaczającą aktywny lokalizator (obok MEDLINE na rysunku 6). Przejście do innej bazy danych odbywa się po prostu klikając na inny hiperłącze lokalizatora na lewym ekranie strony kodów lokalizatora. Poprzednie wyjście zostanie zastąpione wyjściem z nowego lokalizatora. Łatwość nawigacji od strony wyświetlania lokalizatora do innych stron internetowych i odwrotnie jest charakterystyczną cechą ChemIDplus.

Rysunek 5: Kody lokalizacyjne strona – informacje lokalizacyjne i Wyszukiwania.

Rysunek 6: strona kodów lokalizacyjnych – wyjście MEDLINE.

powiększenie struktury

opcja Powiększ strukturę, znajdująca się na stronie cały rekord lub pełny rekord, otwiera strukturę w większym oknie dla łatwiejszego przeglądania. Niektóre struktury są duże, a struktura wyświetlana na stronie wyników zapytań może być ciasna i niejasna (patrz rysunek 7). Opcja Powiększ strukturę zapewnia lepszy i wyraźniejszy obraz struktury (patrz rysunek 8). Ponadto przycisk wyświetlania 3D (poniżej powiększonej struktury) pozwala na wyświetlenie modelu 3D, jeśli jest on dostępny w bazie danych.

Rysunek 7: Strona wyników zapytania – Wankomycyna.

Rysunek 8: powiększona struktura wankomycyny.

zapytania o strukturę

ChemIDplus daje możliwość użycia Chime i ISIS / Draw do narysowania struktury do użycia w zapytaniu lub za pomocą jednej z opcji zapytania o strukturę dostępnych na stronie wyników zapytania. Dwie opcje są opisane poniżej.

używanie Chime i ISIS / Draw:

• umieść mysz w polu wprowadzania struktury i kliknij prawym przyciskiem myszy. Zostaną wyświetlone opcje menu dzwonka pokazane na rysunku 9. Wybierz Edytuj, Przenieś do ISIS/Draw.
• narysuj Zapytanie o strukturę w ISIS / Draw(patrz struktura zapytania Dibenzodioxin na rysunku 10).
• Przenieś Zapytanie o strukturę do pola wprowadzania struktury na stronie wprowadzania, klikając ikonę powrotu do dzwonka (pierwsza (po lewej) ikona na pasku narzędzi). Patrz Rysunek 11.

Rysunek 9: Menu dzwonka.

Rysunek 10: struktura ISIS / Draw – Dibenzodioksyny.

Rysunek 11: Zapytanie o Wyszukiwanie podbudowy dla Dibenzodioksyny.

wybierz jeden z typów wyszukiwania struktury (Wyszukiwanie podbudowy w tym przykładzie)i kliknij przycisk Szukaj. Rysunek 12 przedstawia dwa z 89 trafień uzyskanych w wyniku tego wyszukiwania podstruktury dibenzodioksyn w bazie danych.

Rysunek 12: Strona wyników zapytania o podbudowę Dibenzodioksyny.

użyj struktury ze strony wyników zapytania do wyszukiwania:
ChemIDplus ułatwia wyszukiwanie struktury, udostępniając dwie opcje (na stronie wyników zapytania), które eliminują potrzebę rysowania zapytań o strukturę:

• użyj struktury dla zapytania: ta opcja wkleja pobraną strukturę z poprzedniego zapytania do pola wprowadzania struktury.
• użyj struktury Dla podobieństwa: Ta opcja rozpoczyna natychmiastowe wyszukiwanie podobnych struktur.

na przykład, biorąc pod uwagę wyniki pokazane na rysunku 12, wybierz drugi rekord (RN = 1746-01-6) i kliknij przycisk Użyj struktury Dla podobieństwa. Zostaniesz poproszony o podanie procentu podobieństwa w zakresie od 50% do 100% (domyślnie jest to 80%). Im wyższy wprowadzony procent, tym bardziej podobne są powstałe związki. Po wprowadzeniu podobieństwa procentowego i kliknięciu na OK, System wyszukuje podobne struktury. Rysunek 13 pokazuje monit o procentowe podobieństwo, a Rysunek 14 pokazuje stronę wyników zapytania o podobieństwo.

rysunek 13: procent podobieństwa Prompt.

Strona wyników zapytania na rysunku 14 pokazuje dwa z 79 trafień z wyszukiwania podobieństwa dla Związku o numerze rejestru CAS 1746-01-6. Wyjście jest w rejestrze CAS Numer/ID porządku.

Rysunek 14: Strona wyników zapytań o podobieństwo.

przykładowe wyszukiwania

poniżej znajdują się przykłady informacji, które można uzyskać przeszukując ChemIDplus.

przykład # 1: Które bazy danych NLM zawierają informacje na temat MTBE (eter metylowo-tert-butylowy)? Czy jest na liście czystego powietrza U. S. E. P. A. (CAA1)? Spróbuj wyszukać MEDLINE ze strony kodów lokalizacyjnych.

• nazwa/synonim równa się MTBE
• kliknij przycisk kody lokalizacyjne. (Wszystkie bazy danych / zasoby wymienione na lewym ekranie mają informacje o MTBE.)
• sprawdź, czy CAA1 jest wymieniony jako lokalizator.
• kliknij lokalizator MEDLINE. (Wyjście MEDLINE znajduje się na prawym ekranie.)
• kliknij przycisk Strona główna zapytania, aby rozpocząć nowe wyszukiwanie.

przykład # 2: Czy akrylamid ma TWA (Time Weighted Average)? Jeśli tak, to co to jest?

• nazwa/synonim równa się akrylamid
• możesz przewinąć w dół do sekcji kody klasyfikacji w pełnym rekordzie lub kliknąć przycisk kody klasyfikacji w górnej ramce, aby wyświetlić tylko te informacje.
• dane TWA, jeśli istnieją, są wymienione w kodzie klasyfikacji Superlist.

przykład #3: ile substancji chemicznych wykazuje aktywność przeciwpsychotyczną? Ile to fenotiazyny?

• kod klasyfikacji zaczyna się od leków przeciwpsychotycznych (pobiera wszystkie substancje chemiczne o działaniu przeciwpsychotycznym.)
• kliknij przycisk Pełny rekord niektórych uzyskanych rekordów i sprawdź podane dla nich kody klasyfikacji. Istnieje specyficzny kod klasyfikacji o nazwie „leki przeciwpsychotyczne, fenotiazyna”.
• wykonaj nowe wyszukiwanie – (kod klasyfikacji oznacza leki przeciwpsychotyczne, fenotiazynę)

przykład #3A: alternatywne wyszukiwanie z wykorzystaniem podstruktury fenotiazyny. Spowoduje to pobranie wszystkich fenotiazyn o znanej aktywności przeciwpsychotycznej, w tym zapisów, które nie zostały specjalnie przypisane do kodu klasyfikacji ” Antipsychoic agent, phenothiazines.”Porównaj tutaj swoje wyniki z poprzednim wyszukiwaniem.

• nazwa/synonim jest równoznaczny z fenotiazyną (pobiera to zapis fenotiazyny).
• kliknij przycisk Użyj struktury dla zapytania (przenosi strukturę fenotiazyny na stronę zapytania). Typ wyszukiwania struktury jest ustawiony na wyszukiwanie podbudowy.
• kod klasyfikacji zaczyna się od antypsychotycznego. Naciśnij Enter lub kliknij Szukaj.

przykład #4: podać listę substancji chemicznych ocenianych pod kątem ryzyka rakotwórczego przez Międzynarodową Agencję Badań nad Rakiem (IARC)?

• Kod lokalizatora jest równy IARC

przykład #5: Zidentyfikuj chemikalia podobne do sacharyny. (Użyj 80% podobieństwa.)

• nazwa/synonim równa się
• kliknij przycisk Użyj struktury Dla podobieństwa (80% podobieństwa).
• spróbuj wyszukać 70% podobieństwa.

by Perlita M. Liwanag,
Vera W. Hudson, and
George F. Hazard, Jr., Ph. d.
Specialized Information Services

Liwanag PM, Hudson VW, Hazard gf Jr, ChemIDplus: a web-Based Chemical Search System. NLM Tech Bull. 2000 Marzec-Kwiecień; (313):e3.