od czasu swojego pierwotnego rozwoju w 2006 roku, CHARMM-GUI okazał się idealną platformą internetową do interaktywnego budowania złożonych systemów i przygotowywania ich danych wejściowych za pomocą ugruntowanych i powtarzalnych protokołów symulacji dla state-of-the-art symulacji biomolekularnych przy użyciu szeroko stosowanych pakietów symulacyjnych, takich jak CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond i OpenMM. Projekt rozwoju CHARMM-GUI został szeroko przyjęty do różnych celów i zawiera teraz wiele różnych modułów zaprojektowanych do utworzenia szerokiej gamy biomolekularnych systemów symulacji w generatorze wejściowym. Wiele oryginalnych modułów zostało opracowanych we własnym zakresie, ale nawiązaliśmy bliską współpracę z twórcami CHARMM i innych pakietów symulacyjnych MD w celu dodania nowych modułów.
nasza filozofia w rozwoju CHARMM-GUI nie polega na dostarczaniu nakrętek i śrub do modelowania molekularnego, ale zamiast tego koncentruje się na pomaganiu użytkownikom w osiągnięciu zadania, takiego jak budowa systemu membranowego lub solwatacja białka, poprzez zapewnienie usprawnionego interfejsu. Ta zasada projektowania pomaga nam krytycznie myśleć o przepływie pracy podczas projektowania interfejsu, co sprawia, że CHARMM-GUI jest dostępny dla użytkowników z niewielkim doświadczeniem w narzędziach do modelowania i pozostaje przydatny dla ekspertów, szczególnie w przypadku generowania systemów wsadowych. CHARMM-GUI był używany przez wielu badaczy i jest dobrze rozpoznawalnym narzędziem w społecznościach modelowania i symulacji biomolekularnych (zobacz Cytaty Google Scholar).
projekt rozwoju CHARMM-GUI jest nadal w toku . Funkcjonalności te opierają się nie tylko na żądaniach ogólnych użytkowników i programistów, ale także na pojawiającej się potrzebie zunifikowanej platformy do przygotowywania i wykonywania różnych zaawansowanych metod symulacji, które zostały opracowane i będą rozwijane przez wielu programistów w różnych społecznościach i pakietach symulacji. CHARMM-GUI będzie nadal pomagać ekspertom i nie-ekspertom badaczom z szerszego zakresu społeczności modelowania i symulacji w budowaniu złożonych systemów biomolekularnych ich zainteresowania i przygotowywaniu plików wejściowych do dowolnego ogólnego i zaawansowanego modelowania i symulacji poprzez duży i unikalny zakres funkcjonalności CHARMM-GUI. Będzie to również skuteczne one-stop Online zasobów dla biomedycznej społeczności badawczej do prowadzenia innowacyjnych i nowatorskich badań biomolecular modelowania i symulacji.
odwiedź nasze archiwum COVID-19, aby pobrać systemy białkowe SARS-CoV-2.
śledź CHARMM-GUI na Twitterze:https://twitter.com/CharmmGui.
serwer CHARMM-GUI zostanie uruchomiony w sobotę, 27 marca w godzinach 13:00 – 14:00 (EDT).
CHARMM-GUI będzie wymagać utworzenia konta użytkownika od tygodnia po konserwacji.
