Charles Elton kształcił się w Liverpool College i na Uniwersytecie Oksfordzkim, gdzie ukończył zoologię w 1922 roku, po raz pierwszy w swoim projekcie badawczym i trzeci w egzaminach, i gdzie następnie miał całą karierę akademicką. Podczas studiów w Oksfordzie konceptualizował swoje idee dotyczące ekologii zwierząt, dążąc do przekształcenia Historii Naturalnej w naukę o ekologii poprzez zastosowanie metod naukowych do badania życia zwierząt w ich naturalnych siedliskach i interakcji ze środowiskiem.

w 1921 roku, będąc jeszcze studentem, Elton asystował Julianowi Huxleyowi w wyprawie na Spitsbergen, gdzie przeprowadził ekologiczny przegląd arktycznych kręgowców. Kontynuował ją na trzech kolejnych ekspedycjach arktycznych w 1923, 1924 i 1930. Spędził również trochę czasu na pracy w terenie w St. Kilda w Szkocji. Jego arktyczne doświadczenie doprowadziło w latach 1926-1931 do konsultacji z Hudson ’ s Bay Company w celu zbadania zmiennych populacji gatunków zwierząt będących przedmiotem zainteresowania handlu futrami. Później przeprowadził podobne badania populacji myszy brytyjskich i norników. Spędził wiele lat na badaniach terenowych w Wytham Woods w Oksfordzie.

na wczesną karierę Eltona wpływ mieli Alexander Carr-Saunders, Victor Ernest Shelford i Gordon Hewitt. W 1922 Alexander Carr-Saunders napisał the Population Problem: A Study of Human Evolution, w którym opisuje, w jaki sposób wpływ przeludnienia u ludzi ma kaskadowy wpływ na życie roślin i zwierząt na całym świecie. Elton później zastosował te idee fluktuacji do zwierząt. Victor Ernest Shelford napisał Animal Communities in umiarkowana Ameryka w 1913 roku, gdzie zarysował trzy główne zasady ekologii: (1) nacisk na znaczenie badania fizjologii organizmu, a nie fizjologii konkretnego organu; (2) Ocena „zjawisk zachowania i fizjologii” w odniesieniu do środowiska naturalnego; oraz (3) związek ekologii życia roślinnego z życiem zwierząt. W książce Gordona Hewitta z 1921 roku „the Conservation of the Wildlife of Canada”, Elton zauważył cykl populacji rysia kanadyjskiego i zająca w rakietach śnieżnych i rozwinął lepsze zrozumienie fluktuacji populacji arktycznych kręgowców z Hudson ’ s Bay Company.

w 1932 roku Elton założył Bureau of Animal Population w Oksfordzie, które stało się centrum zbierania danych na temat fluktuacji populacji zwierząt. W tym samym roku powstało czasopismo „Journal of Animal Ecology”, którego pierwszym redaktorem został Elton. W 1936 r. został mianowany reader in animal ecology na Uniwersytecie Oksfordzkim, a Corpus Christi College wybrał go na senior research fellow. Podczas ii Wojny Światowej Biuro populacji zwierząt zostało powierzone przez Radę Badań Rolniczych do znalezienia skutecznych metod zwalczania szczurów, myszy i królików. Po ii Wojnie Światowej Elton rozpoczął 20-letnie badania zwierząt i ich powiązań na terenie posiadłości Wytham Uniwersytetu Oksfordzkiego, obejmujące te na łąkach, lasach i wodzie. Po przejściu na emeryturę podjął studia w tropikalnej Ameryce.

duże zainteresowanie ochroną przyrody i problemy w zarządzaniu rezerwatami przyrody skłoniły Eltona do powołania w 1949 r.Rady Ochrony Przyrody. W 1953 został wybrany członkiem Royal Society, a w 1970 otrzymał medal Darwina.