Chauncy urodził się w elitarnej klasie purytańskich kupców, którzy rządzili Bostonem w Massachusetts. Jego pradziadek, Charles Chauncy, po którym został nazwany, był drugim prezydentem Harvard College. Jego ojciec był utytułowanym Bostońskim kupcem. Chauncy kształcił się w Boston Latin School oraz na Harvardzie, gdzie uzyskał zarówno licencjat, jak i magisterium z teologii. W 1727 Chauncy został wyświęcony na asystenta pastora Pierwszego Kościoła w Bostonie, najstarszego kościoła Kongregacyjnego w mieście i jednego z najważniejszych w Nowej Anglii. W 1762 roku Chauncy został pastorem pierwszego Zboru. Służył Kongregacji przez 60 lat, aż do śmierci.

Chauncy był przeciwnikiem pierwszego wielkiego przebudzenia, które podzieliło kościoły Kongregacyjne między frakcje Starego światła i Nowego światła. Jako lider The Old Lights, Chauncy wypowiadał się przeciwko religijnemu entuzjazmowi wzbudzonemu przez kaznodziejów przebudzenia. Chauncy był również liderem opozycji przeciwko mianowaniu anglikańskiego biskupa dla amerykańskich kolonii. Podczas Rewolucji Amerykańskiej wspierał sprawę Patriotów poprzez kazania i broszury. Według badaczy religioznawstwa Normana i Lee Gibbsa, Chauncy zasługuje na tytuł „teologa Rewolucji Amerykańskiej”.

Chauncy był członkiem statutowym American Academy of Arts and Sciences (1780) i otrzymał tytuł doktora honoris causa Uniwersytetu w Edynburgu. Został uznany przez Massachusetts Historical Society (kiedy jego portret został tam powieszony) jako „wybitny za swoje talenty, naukę i miłośnik wolności, cywilnej i religijnej.”