opis¶

styl kąta charmm wykorzystuje potencjał

z dodatkowym terminem Urey_Bradley opartym na odległości \(r\) między pierwszym i trzecim atomem w kącie. \(K\), \(\theta_0\),\(k_{ub}\) i \(R_{ub}\) są współczynnikami zdefiniowanymi dla każdego typu kąta.

Zobacz (MacKerell) opis pola siłowego CHARMM.

następujące współczynniki muszą być zdefiniowane dla każdego typu kąta za pomocą poleceniaangle_coeff, jak w powyższym przykładzie, lub w pliku danych lub plikach restartu odczytanych za pomocą poleceń read_dataor read_restart:

• \(k\) (energy)

• \(\theta_0\) (degrees)

• \(k_{ub}\) (energia/odległość^2)

• \(R_{ub}\) (odległość)

\(\theta_0\) jest określona w stopniach, ale lamps przekształca ją wewnętrznie; stąd \(k\) jest efektywnie energią perradiańską^2.Style

z przyrostkiem gpu, intel, KK, omp lub opt są funkcjonalnie takie same jak odpowiedni styl bez przyrostka.Zostały one zoptymalizowane tak, aby działały szybciej, w zależności od dostępności oprogramowania, jak omówiono na stronie Docpage Speed packages. Przyspieszone style przyjmują te same argumenty i powinny dawać te same wyniki, z wyjątkiem kwestii zaokrąglania i precyzji.

te przyspieszone style są częścią odpowiednio pakietów GPU, USER-INTEL, KOKKOS,user-OMP i OPT. Są one włączone tylko wtedy, gdy flammps został zbudowany z tych pakietów. Więcej informacji można znaleźć na stronie dokument budowania pakietu.

możesz jawnie określić style przyspieszane w skrypcie wejściowym, włączając w to ich sufiks, lub możesz użyć przełącznika-sufiks wiersza poleceń podczas wywoływania LAMMPS, lub możesz użyć polecenia thesuffix w skrypcie wejściowym.

zobacz stronę Doc Speed packages, aby dowiedzieć się więcej o tym, jak efektywnie używać przyspieszonych stylów.