Filip urodził się 21 maja 1527 roku w Palacio de Pimental w Valladolid. Otrzymał burgundzkie imię Filipa, po ojcu Karola. Wychowywał się na dworze kastylijskim pod nadzorem matki i Don Juana de Zuniga, jednego z jego ojców chrzestnych i powiernika Karola, który stał się bardziej wpływowy po śmierci Izabeli w 1539 roku. Zachęcał Filipa do uprawiania zajęć na świeżym powietrzu, fizycznych-hawking, jazda konna – walka na miecze – w której się wyróżniał. Charles miał później ustalić tygodniowy limit liczby zwierząt, które mogą zostać zabite! Udzielał korepetycji wielu najlepszym naukowcom w Hiszpanii, chociaż nie był uczonym przyrodniczym, a jego wykształcenie miało znaczne luki. Poza hiszpańskim, nauczył się łaciny, twierdząc, że będzie to rozumiane w całej Europie, ale nigdy nie opanował francuskiego, niemieckiego czy włoskiego, co w przyszłości mogłoby mu przeszkodzić. Po 1539 Karol związał się z synem, rozpoczynając naukę w sztuce rządzenia i zaszczepiając wiarę w potrzebę ciężkiej pracy. Wykazał się troską i dbałością o edukację polityczną Filipa.
Filip został po raz pierwszy mianowany regentem w Hiszpanii w 1543 roku w wieku szesnastu lat. Karol uznał, że „jesteś jeszcze młody, aby ponosić taki ciężar”, ale zostawił mu trzy dokumenty porad i instrukcji, obejmujące jego uprawnienia i obowiązki, pewne ograniczenia tych uprawnień, zwłaszcza w mianowaniu, i bardziej osobiste porady na temat jego roli i jego zachowania w publicznym i prywatnym. Przedstawił swoje idee polityczne i ostrzegł go, aby spodziewał się trudności finansowych. (Po więcej szczegółów patrz Ch. 22 w ” Dynastia i obowiązek: Imperator Charles V and his Changing World 1500-1558″). Poinformował również Filipa, że Zuniga został poinstruowany, aby przemówił do niego Ostro „jeśli musi” i powołał potężną radę, która doradzi jego synowi.
w tym samym roku Filip poślubił Marię Manuelę portugalską, najstarszą córkę Jana III Portugalskiego i jego żony Katarzyny. Filip miał siedemnaście lat, a Maria szesnaście. Byli „podwójnymi” kuzynami, innymi słowy kuzynami zarówno po stronie ojców, jak i matek, co było przykładem częstego w rodzinie Habsburgów małżeństwa między bliskimi krewnymi. Karol ostrzegł swojego syna przed nadmiernym pobłażaniem w „przyjemnościach małżeństwa”, ponieważ może to ” nie tylko zaszkodzić twojemu zdrowiu … (ale) nawet skrócić swoje życie”, odnosząc się do „ekscesów” księcia Juana (wuja Karola), który poślubił Małgorzatę austriacką w 1497 roku, by umrzeć pół roku później. Poinformował Filipa, że polecił Zunidze, by spełnił jego życzenie. Po udaniu się do łóżka w noc poślubną, po dwóch i pół godzinie Zuniga zabrał Filipa do innej komnaty łóżkowej. W rzeczywistości to Maria zapłaciła za to cenę, umierając po urodzeniu syna, Don Carlosa, w lipcu 1545 roku. Filip był mocno wstrząśnięty loss.In 1546 i 1547 trzej główni doradcy Filipa-Tavara, Cobos i Zuniga-wszyscy zginęli, a Karol uznał, że w wieku dwudziestu lat Filip jest gotowy na większą swobodę działania. Filip oparł się żądaniom ojca o pieniądze z Hiszpanii i zaczął wyznaczać własnych ludzi na stanowiska rządowe. Pod koniec 1540 roku Karol zdecydował, że Filip powinien odziedziczyć niskie kraje, a także Hiszpanię i wezwał go do podróży tam, aby został uznany za dziedzica. Była to jego pierwsza poważna podróż poza Hiszpanię. Wyjeżdżając z Barcelony w październiku 1548 popłynął do Genui, udał się przez północne Włochy do Innsbrucku, następnie do Monachium i Heidelbergu, przybywając do Brukseli 1 kwietnia. (Korowód „Ommegang” odbywający się w Brukseli każdego lipca jest rekonstrukcją uroczystości z 1549 roku, która odbyła się po przybyciu Filipa). Filip nigdy nie został przyjęty w krajach niskich. Był uważany za powściągliwego i wyniosłego, obcokrajowca, który nie znał ich języka, z niewielkim uznaniem dla tradycyjnych instytucji prowincji. Nigdy nie był w stanie przezwyciężyć tych problemów.
Filip powrócił do Hiszpanii w 1551 roku. Karol odmówił mu zgody na przystąpienie do przedsięwzięć wojskowych we Włoszech lub przeciwko Francuzom pod Metz, a ojciec nadal naciskał na niego za pieniądze. Karol wysłał następnie instrukcje, aby Filip udał się do niskich krajów z dużymi sumami, aby zapłacić za rok następnego kampanii wojskowej w wojnie z Francją. Filip rozpoczął negocjacje w sprawie swojego małżeństwa z inną Marią, tym razem córką swojej ciotki Eleonory i jej pierwszego męża portugalskiego Manuela I, ale śmierć Edwarda VI w Anglii w lipcu 1553 zmieniła sytuację. Następcą Edwarda została Maria, córka Henryka VIII, trzydzieści lat wcześniej możliwa żona Karola. Kiedy ten pomysł został wskrzeszony Karol nie zgodził się na to, ale zdecydował, że Filip będzie doskonałym partnerem dla katolickiej królowej, łączącej Anglię i kraje niskie i przywracając Anglię do wiary katolickiej. W lipcu 1554 Filip udał się do Anglii, gdzie pobrali się w Winchesterze.
Wiele osób uważało, że Filipowi nadal brakuje niezależności i jedynie postępuje zgodnie z instrukcjami Karola. Jednak po wyjeździe z Hiszpanii zignorował życzenia ojca dotyczące regencji pod jego nieobecność i mianował swoją młodszą siostrę, Juanę, niedawno owdowiałą w Portugalii. Dokonywał również licznych nominacji do soboru oraz innych stanowisk administracyjnych i kościelnych, zapewniając w ten sposób utrzymanie kontroli nad Hiszpanią w czasie jego nieobecności. Jego pobyt w Anglii nie był jednak udany, pomimo chęci Filipa do pozytywnego wyniku politycznego. Chociaż poczynił znaczne wysiłki, aby nawiązać dobre relacje i wypełnić swój obowiązek, umowa małżeńska zawarta pod jego nieobecność ograniczyła jego władzę w Anglii, Anglicy byli ogólnie wrogo nastawieni i trudno mu było odwzajemnić uczucia Marii. Opuścił kraj we wrześniu 1555 roku i wziął udział w ceremonii abdykacji Karola w następnym miesiącu. W styczniu 1556 Filip formalnie został królem Filipem II, ale pozostał w krajach nizinnych, gdy Karol popłynął do Hiszpanii jeszcze w tym samym roku. Wciąż w stanie wojny z Francją wojska Filipa odniosły duże zwycięstwo pod Saint-Quentin w sierpniu 1557, ale utrata Calais, w rękach angielskich od 1347, w styczniu 1558 była poważnym ciosem dla Marii. Angielska królowa wierzyła, że jest w ciąży w 1555, ale nie było dziecka. Pod koniec 1557 roku, w wieku czterdziestu dwóch lat, ponownie ogłosiła ciążę. W kwietniu 1558 roku, dziewięć miesięcy po ostatnim opuszczeniu Anglii przez Filipa, stało się jasne, że znowu się myliła. Jej stan zdrowia pogorszył się i zmarła 17 listopada, niecałe dwa miesiące po ojcu Filipa.
po 1558
śmierć była stałym elementem w życiu osobistym Filipa. Miał się ożenić jeszcze dwukrotnie. W 1559 roku poślubił Elżbietę Walezjusz, najstarszą córkę Henryka II i Katarzyny Medycejskiej w ramach traktatu z Cateau-Cambresis z królem Francji. Mieli dwoje ocalałych dzieci, kochane córki Izabelę i Katarzynę. Syn Filipa z pierwszego małżeństwa, Don Carlos, wcześnie okazał się nierzetelny i rozczarowujący dla ojca. W styczniu 1568 został aresztowany i uwięziony, a pół roku później zmarł w niejasnych okolicznościach. Elżbieta zmarła przy porodzie jeszcze w tym samym roku. W 1570 Filip poślubił swoją siostrzenicę, Annę austriacką, córkę cesarza Maksymiliana I Marii, siostry Filipa. Mieli czterech synów i córkę, z których czterech zmarło przed ukończeniem ośmiu lat, pozostawiając najmłodszego syna, Filipa, urodzonego w 1578 roku, który dwadzieścia lat później zastąpił ojca. Anna zmarła w 1580 roku.
Filip pozostał w Hiszpanii przez większość swojego panowania, czyniąc Madryt jego stolicą i budując klasztor i Pałac Królewski San Lorenzo de El Escorial, gdzie spędził większość czasu, gdy nie był w Madrycie ani w swoim pałacu w Aranjuez. Pracował wiele godzin, czytając państwowe gazety, wydając instrukcje i często angażując się w szczegóły licznych spraw, które miał do czynienia jako władca Hiszpanii, krajów niskich, dużej części Włoch i Obu Ameryk. W 1580 został królem Portugalii. Musiał zmagać się z ogromnymi trudnościami finansowymi, wielokrotnie ogłaszając bankructwo Hiszpanii.
Filip pozostaje postacią kontrowersyjną. Czasami uważany jest za jedynie religijnego bigota, odpowiedzialnego za trwającą inkwizycję i prześladowania protestantów. Podczas jego czterdziestu lat panowania było tylko dziewięć miesięcy, kiedy nie był w stanie wojny w jakiejś części swojego królestwa. Najbardziej szkodliwy był bunt w krajach Niskich, w kwestiach politycznych i religijnych, którego nie był w stanie stłumić i po jego śmierci ostatecznie doprowadził do ich podziału na kontrolowany przez Hiszpanów obszar i niepodległe Zjednoczone prowincje (obecnie Holandia). Najbardziej znany jest w Anglii z wysłania fatalnej Armady przeciwko Elżbiecie i w 1588 roku, ale prawdopodobnie bardziej znacząca była porażka osmańskiej Marynarki Wojennej w bitwie pod Lepanto w 1571 roku. Jego panowanie umocniło również władzę Habsburgów w Europie i jest często określane jako „Złoty Wiek” Hiszpanii, mimo że miała ona zalążek własnego upadku. Często określany w Hiszpanii jako „Filip rozważny”, biografia Geoffreya Parkera z 2014 roku „Imprudent King: A New Life Of Philip II” dostarcza dokładnej i skłaniającej do refleksji analizy jego życia.