Grondwaterecosystemen zijn wereldwijd de belangrijkste bronnen van drinkwater, maar ze worden bedreigd door verontreiniging en overexploitatie. De meest voorkomende bron van verontreiniging is het weglekken van aardolie en de hoge koolstofbelasting resulteert in anoxie en steile geochemische gradiënten. Microben spelen een belangrijke rol in de omzetting van aardoliekoolwaterstoffen in minder giftige stoffen. Om microbiële populaties op eencellig niveau te onderzoeken, is fluorescentie in situ hybridisatie (FISH) nu een gevestigde techniek. Onlangs, echter, gekatalyseerde verslaggeversdepositie(kaart) – vissen is geà ntroduceerd voor de opsporing van microben uit oligotrophic milieu ‘ s. Niettemin vormen met aardolie verontreinigde watervoerende lagen een worstcasescenario voor vistechnieken vanwege de combinatie van hoge achtergrondfluorescentie van koolwaterstoffen en de aanwezigheid van kleine microbiële cellen, veroorzaakt door de lage omzetsnelheden die kenmerkend zijn voor grondwaterecosystemen. Het is daarom niet verwonderlijk dat de studies van micro-organismen van dergelijke plaatsen meestal op teelttechnieken, vingerafdrukken, en Amplicon het rangschikken worden gebaseerd. Om echter de populatiedynamiek en interspecies relaties van de belangrijkste deelnemers aan de afbraak van verontreinigende stoffen te onthullen, is vis een onmisbaar instrument. In deze studie, werd een protocol voor vissen ontwikkeld in combinatie met celkwantificatie gebruikend een geautomatiseerde het tellen microscoop. Het protocol omvat de scheiding en zuivering van microbiële cellen uit sedimentdeeltjes, celpermeabilisatie en, ten slotte, kaart-vis in een magnetron. Als bewijs van het principe werd de verspreiding van Archaea en bacteriën aangetoond in 60 sedimentmonsters die werden genomen over de pluim van een aquifer (Leuna, Duitsland), die sinds de Tweede Wereldoorlog zwaar is verontreinigd met enkele tienduizend ton petroleumkoolwaterstoffen.