de Installatie en het gebruik CheckM
zie de project home pagina voor informatie over gebruik en installatie instructies: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki
Wij raden u niet aan CheckM van de master branch. Dit kan onstabiel zijn. Installeer een officiële release van CheckM of gebruik pip.
schatten van de kwaliteit van reanimatie genomen
informatie over het verkrijgen van verbeterde kwaliteitsschattingen voor reanimatie (Patescibacteria) genomen kan hier worden gevonden:https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/Workflows#gebruikmakend van-reanimatie-marker-set
migratie naar Python 3
CheckM is overgezet naar Python 3 om Python 2 te accomoderen en het einde van de levensduur te bereiken op 1 januari, 2020. CheckM >=1.1.0 vereist Python 3. Python 2 wordt niet langer actief ondersteund. Excuses voor eventuele problemen die dit kan veroorzaken.
massief dankzij baudrly, Vini Salazar en Asaf Peer voor initiële Python 2 tot 3 porten.
Python 2 tot 3 validatie
het porten van CheckM naar Python 3 was validatie op een set van 1.000 genomen willekeurig geselecteerd uit de gtdb R89 representatieve genomen. Resultaten werden vergeleken met die gegenereerd met CheckM v1. 0. 18, de laatste Python 2 versie van CheckM. Er werden identieke resultaten verkregen voor de methoden “lineage_wf”, “taxonomy_wf” en “ssu_finder” voor deze reeks test genomen. Andere CheckM methoden zijn uitgevoerd op een kleine set van 3 genomen om te controleren of ze lopen tot voltooiing onder Python 3.
verwijderde functionaliteit
de volgende functies zijn verwijderd uit CheckM v1.1.x om de codebasis en focus CheckM te vereenvoudigen en ondersteuningsverzoeken op kritieke functionaliteit te ondersteunen:
- bin_qa_plot: niet-kritisch, zelden gebruikt plot dat niet schaalt naar de grote aantallen MAGs die nu worden teruggewonnen
- par_plot: niet-kritisch plot en dezelfde informatie wordt beter weergegeven in de referentiedistributiepercelen
- cov_pca, tetra_pca: alternatieven voor deze statische plots bestaan in tools zoals Anvi ‘ o
- len_plot: zelden gebruikte plot die grotendeels redundant is met de len_hist en nx_plot plots
- bin_union, bin_compare: feature rijk alternatief bestaat nu zoals DAS Tool en UniteM
Bug Reports
rapporteer bugs via het GitHub issues system.
