4.1 Eiwitwetenschap, van een aminozuur tot sequenties en structuren
eiwitten zijn grote, complexe moleculen die een cruciale rol spelen om de normale werking van het menselijk lichaam te handhaven. Ze zijn niet alleen essentieel voor de structuur en functie, maar ook voor de regulering van de weefsels en organen van het lichaam. De proteã nen worden samengesteld uit honderden kleinere eenheden genoemd aminozuren die aan elkaar door peptide banden in bijlage zijn, die een lange ketting vormen.
4.2 eiwit actieve plaatsen
gewoonlijk lokaliseert de actieve plaats van een eiwit zijn centrum van actie en, de sleutel tot zijn functie. De eerste stap is de opsporing van actieve plaatsen op de eiwitoppervlakte en een nauwkeurige beschrijving van hun eigenschappen en grenzen. Deze specificaties zijn van vitaal belang inputs voor de daaropvolgende doeldrugbaarheidsvoorspelling of doelvergelijking. De meeste algoritmen voor actieve site detectie zijn gebaseerd op geometrische modellering of energetische functies gebaseerde berekening.
4.3 de rol van eiwitzakken
de vorm en eigenschappen van het eiwitoppervlak bepalen welke interacties mogelijk zijn met liganden en andere macromoleculen. Zakken zijn een belangrijk maar dubbelzinnig kenmerk van dit oppervlak. Tijdens het proces van de drugontdekking, is de eerste stap in het onderzoek voor loodsamenstellingen en potentiële molecules als drugs gewoonlijk een selectie van de vorm van de bindende zak. Vorm speelt een rol in veel computationele farmacologische methoden. Gebaseerd op bestaande resultaten, waren de meeste eigenschappen belangrijk voor het voorspellen van drug-bindende afhankelijk van grootte en vorm van de bindende zak, met de chemische eigenschappen van secundair belang. De oppervlaktevorm is ook belangrijk voor interacties tussen eiwit en water. Het definiëren van discrete pockets of mogelijke interactieplaatsen blijft echter nog steeds onduidelijk, vanwege de vorm en locatie van nabijgelegen pockets beïnvloedde promiscuïteit en diversiteit van bindingsplaatsen. Aangezien de meeste zakken open zijn voor oplosmiddel, is het definiëren van de rand van een zak de belangrijkste moeilijkheid. Die dicht bij oplosmiddel noemen we begraven holtes. Met het voordeel van goed gedefinieerde omvang, oppervlakte en volume, zijn begraven Holten eenvoudiger te lokaliseren. In tegenstelling, de rand van een open zak definieert zijn mond en het biedt de cut-off voor het bepalen van het oppervlak en het volume. Zelfs het definiëren van de zak als een set van residuen bepaalt niet het volume of de mond van de zak.
4.4 Druggability role prediction
in de farmaceutische industrie is de huidige prioriteitsstrategie voor doelbeoordeling high-throughput screening (HTS). NMR screenings worden toegepast tegen grote samengestelde datasets. De chemische eigenschappen van samenstellingen die tegen specifieke doelstellingen binden worden gemeten, zodat hoe goed de samenstellingsreeksen aan de chemische ruimte binden zal de bindende efficiency beslissen. De succestarieven van het vrijwel dokken van de drug-als ligands in de actieve plaatsen van de doelproteã nen zouden voor prioritering worden ontdekt, terwijl de meeste actieve plaatsen bij de zakken worden gevestigd.
met de voordelen van een grote hoeveelheid structurele gegevens zijn gedurende de laatste 30 jaar computationele methoden vanuit verschillende perspectieven voor de voorspelling van de drugverslaving geïntroduceerd, met positieve resultaten, als een essentieel instrument om de toegankelijkheid van de voorspelling te versnellen. Veel kandidaten zijn sindsdien al geïntegreerd in de drug discovery pipeline.
