Storage and retrievalEdit
een primaire toepassing van cheminformatica is het opslaan, indexeren en zoeken van informatie met betrekking tot chemische verbindingen. Het efficiënt zoeken van dergelijke opgeslagen informatie omvat onderwerpen die worden behandeld in de informatica, zoals datamining, informatie ophalen, informatie-extractie, en machine learning. Gerelateerde onderzoeksthema ‘ s zijn:
File formatsEdit
De in silico-representatie van chemische structuren maakt gebruik van gespecialiseerde formaten zoals de Simplified molecular input line entry specifications (SMILES) of de op XML gebaseerde Chemical Markup Language. Deze representaties worden vaak gebruikt voor opslag in grote chemische databases. Terwijl sommige formaten geschikt zijn voor visuele representaties in twee – of drie-dimensies, zijn anderen meer geschikt voor het bestuderen van fysieke interacties, modellering en docking studies.
Virtual librariesEdit
chemische gegevens kunnen betrekking hebben op echte of virtuele moleculen. Virtuele bibliotheken van samenstellingen kunnen op verschillende manieren worden gegenereerd om chemische ruimte te verkennen en nieuwe samenstellingen met gewenste eigenschappen te hypothesen. Virtuele bibliotheken van klassen van verbindingen (drugs, natuurlijke producten, diversiteit-georiënteerde synthetische producten) werden onlangs gegenereerd met behulp van de FOG (fragment optimized growth) algoritme. Dit werd gedaan door cheminformatische tools te gebruiken om overgangskansen van een Markov-keten te trainen op authentieke klassen van verbindingen, en vervolgens de Markov-keten te gebruiken om nieuwe verbindingen te genereren die vergelijkbaar waren met de trainingsdatabase.
Virtual screeningEdit
in tegenstelling tot high-throughput screening, omvat virtuele screening computationele screening in silico-bibliotheken van verbindingen, door middel van verschillende methoden zoals het uitzetten, om leden te identificeren die waarschijnlijk de gewenste eigenschappen bezitten, zoals biologische activiteit tegen een bepaald doel. In sommige gevallen, combinatorische chemie wordt gebruikt in de ontwikkeling van de bibliotheek om de efficiëntie in de mijnbouw van de chemische ruimte te verhogen. Vaker wordt een diverse bibliotheek van kleine moleculen of natuurlijke producten gescreend.
Quantitative structure-activity relationship (QSAR)Edit
Dit is de berekening van kwantitatieve structuur–activiteits relatie en kwantitatieve structuur-eigenschap relatie waarden, gebruikt om de activiteit van verbindingen uit hun structuren te voorspellen. In deze context is er ook een sterke relatie met chemometrie. Chemische expert systemen zijn ook relevant, omdat ze delen van chemische kennis vertegenwoordigen als een in silico representatie. Er is een relatief nieuw concept van gematchte moleculaire pair analyse of voorspelling-gedreven MMPA die is gekoppeld aan QSAR model om activiteit cliff te identificeren.
