sinds de oorspronkelijke ontwikkeling in 2006 heeft CHARMM-GUI zich bewezen als een ideaal webgebaseerd platform om interactief complexe systemen te bouwen en hun inputs voor te bereiden met gevestigde en reproduceerbare simulatieprotocollen voor state-of-the-art biomoleculaire simulaties met behulp van veelgebruikte simulatiepakketten zoals CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond en OpenMM. Het CHARMM-GUI ontwikkelingsproject is op grote schaal gebruikt voor verschillende doeleinden en bevat nu een aantal verschillende modules die zijn ontworpen om een breed scala van biomoleculaire simulatiesystemen in Inputgenerator op te zetten. Veel originele modules werden ontwikkeld als een in-house inspanning,maar we hebben nauwe samenwerking met de ontwikkelaars van CHARMM en andere MD simulatie pakketten voor de toevoeging van nieuwere modules.
onze filosofie in CHARMM-GUI ontwikkeling gaat minder over het leveren van de moeren en bouten van moleculaire modellering, maar in plaats daarvan gericht op het helpen van gebruikers om een taak te bereiken, zoals het bouwen van een membraansysteem of het oplossen van een eiwit, door het bieden van een gestroomlijnde interface. Dit ontwerpprincipe helpt ons om kritisch na te denken over de workflow bij het ontwerpen van de interface, wat ertoe leidt dat CHARMM-GUI toegankelijk is voor gebruikers met weinig ervaring in het modelleren van tools en nuttig blijft voor experts, vooral voor batchgeneratie van systemen. CHARMM-GUI is gebruikt door veel onderzoekers, en het is een goed erkende tool in de biomoleculaire modellering en simulatie gemeenschappen (zie Google Scholar Citations).
het ontwikkelingsproject CHARMM-GUI loopt nog. Deze functionaliteiten zijn niet alleen gebaseerd op verzoeken van algemene gebruikers en ontwikkelaars, maar ook op een opkomende behoefte aan een uniform platform om verschillende geavanceerde simulatiebenaderingen voor te bereiden en uit te voeren die zijn ontwikkeld en zullen worden ontwikkeld door veel ontwikkelaars in diverse simulatiegemeenschappen en pakketten. CHARMM-GUI zal deskundige en niet-deskundige onderzoekers uit een breder scala van de modellering en simulatie gemeenschap blijven helpen om de complexe biomoleculaire systemen van hun belang te bouwen en de inputbestanden voor te bereiden voor elke algemene en geavanceerde modellering en simulatie door middel van de grote en unieke scope van CHARMM-GUI functionaliteit. Het zal ook een effectieve one-stop online bron voor de biomedische onderzoeksgemeenschap om innovatieve en nieuwe biomoleculaire modellering en simulatie onderzoek uit te voeren.bezoek ons Covid-19-Archief voor de verzameling van SARS-CoV-2-eiwitsystemen.
volg CHARMM-GUI op Twitter: https://twitter.com/CharmmGui.
De CHARMM – GUI server zal offline zijn voor onderhoud op zaterdag 27 maart van 13: 00-14: 00 uur (EDT).
CHARMM-GUI moet een gebruikersaccount aanmaken vanaf een week na het onderhoud.
