Chauncy werd geboren in de elite puriteinse koopmansklasse die regeerde over Boston, Massachusetts. Zijn overgrootvader, Charles Chauncy, naar wie hij werd genoemd, was de tweede president van Harvard College. Zijn vader was een succesvolle handelaar in Boston. Chauncy werd opgeleid aan de Boston Latin School en aan Harvard, waar hij zowel zijn undergraduate degree als zijn master in theologie behaalde. In 1727 werd Chauncy gewijd als assistent-minister van de Eerste Kerk van Boston, de oudste Congregationele kerk in de stad en een van de belangrijkste in New England. In 1762 werd Chauncy pastoor van de eerste kerk. Hij diende de Congregatie voor 60 jaar tot zijn dood.Chauncy was een tegenstander van de eerste grote ontwaking, die de Gemeentekerken verdeelde tussen oude en nieuwe lichtfacties. Als leider van de oude lichten, sprak Chauncy zich uit tegen religieus enthousiasme dat werd opgewekt door revival predikers. Chauncy was ook een leider van de oppositie tegen de benoeming van een Anglicaanse bisschop voor de Amerikaanse koloniën. Tijdens de Amerikaanse Revolutie steunde hij de Patriot-zaak door middel van preken en pamfletten. Volgens religieuze studies geleerden Norman en Lee Gibbs, Chauncy verdient de titel “theoloog van de Amerikaanse Revolutie”.Chauncy was een charter-lid van de American Academy of Arts and Sciences (1780) en kreeg een eredoctoraat in goddelijkheid aan de Universiteit van Edinburgh. Hij werd erkend door de Massachusetts Historical Society (toen zijn portret daar werd opgehangen) als “eminent voor zijn talenten, leren, en liefhebber van vrijheid, burgerlijke en religieuze.”