Geautomatiseerde DNA-sequencing door capillaire elektroforese
de Scheiding van de producten van een radioactief-op het etiket of tl-dideoxy-sequencing reactie heeft in het verleden is gedaan in een poly-acrylamide plaat gel, bijvoorbeeld de soort gebruikt in een 96-lane ABI 377. De nadelen van deze methode omvatten de noodzaak van het voorbereiden van een vers gel voor elke het rangschikken looppas, handlading van steekproeven in het gel, vrij lange looptijden (8 ~ 10 uur voor resolutie van een fragment van 1KB DNA), en moeilijkheden in geautomatiseerd en/of handvolgend van stegen.
een alternatieve scheidingsmethode maakt gebruik van capillaire elektroforese. Een reeks standaarddideoxy DNA die reacties rangschikken wordt voorbereid, elk in één put van een 8 rij x 12 kolom 96-well plaat. Een reeks ultradunne capillaire buizen (0.1 mm binnenboring, 50 ~ 80 cm lengte) worden gevuld met een harskralen mengsel en geplaatst in een multi-capillaire array. Een uiteinde van de array wordt gemonteerd in een negatief geladen Kathodeplaat zodat hun uiteinden op één lijn staan met elke putje van de monsterplaat. De toepassing van hoog voltage veroorzaakt geëtiketteerde DNA in elke steekproef goed om het overeenkomstige capillaire in te gaan, en hoewel het naar het positief-geladen anodereservoir te migreren. Vanwege de hoge spanningen gebruikt, elektroforetische scheiding vereist slechts 1 ~ 3 uur. Zoals in plak-gelelektroforese, bewegen de kleinere fragmenten sneller dan de grotere . De eind-etiketkleurstoffen worden geactiveerd door een laser in het detectorvenster , en de fluorescentiegolflengte van elk fragment wordt gelezen door een fotometer aangezien het een vast punt passeert. In tegenstelling tot het plakgelsysteem, zijn de laser en de fotometer vast en onbeweeglijk, en kunnen meerdere zij-aan-zij capillairen tegelijkertijd als afzonderlijke gegevensstromen activeren en lezen: dit vermijdt het probleem van het volgen van afzonderlijke rijstroken in een plakgel. De mobiliteitsgegevens worden verzonden naar een computer, en een chromatogram wordt geproduceerd voor elke steekproef die hoofdzakelijk identiek is aan die van het systeem van het plakgel.
capillaire sequencers gebruiken doorgaans een robot om een stapel monsterplaten automatisch te laden. De capillaire serie wordt gespoeld met buffer tussen platen, zodat de machine onbeheerd kan worden gelaten voor vele looppas. In de grootste faciliteiten, kunnen PCR reacties ook direct worden gekoppeld aan het rangschikken van platen in robotachtige werkstations die tientallen of honderden capillaire sequencers bedienen. De chromatogramgegevens worden op een server geplaatst en kunnen door gebruikers honderden of duizenden kilometers verderop worden gedownload. Schaalvoordelen kunnen het goedkoper maken om DNA-sequencing uit te besteden in plaats van een interne machine te kopen, te onderhouden en te bemannen.
