Description¶

De CHARMM hoekstijl gebruikt de potentiele

met een extra Urey_Bradley term gebaseerd op de afstand \(r\) tussen de eerste en derde atomen in de hoek. \(K\), \(\theta_0\),\(K_{ub}\), en \(R_{ub}\) zijn coëfficiënten gedefinieerd voor elk angletype.

zie (MacKerell) voor een beschrijving van het CHARMM krachtveld.

De volgende coëfficiënten moeten worden gedefinieerd voor elke hoek via theangle_coeff commando zoals in het voorbeeld hierboven, of in de gegevens bestand of de bestanden opnieuw gelezen door de read_dataor read_restart commando ‘ s:

• \K\) (energie)

• \(\theta_0\) (graden)

• \(K_{ub}\) (energie/afstand^2)

• \(r_{ub}\) (afstand)

\(\theta_0\) is opgegeven in graden, maar LAMMPS zet het toradians intern; vandaar \K\) is in feite energie perradian^2.

stijlen met een GPU, intel, kk, OMP of opt achtervoegsel zijn functioneel hetzelfde als de overeenkomstige stijl zonder het achtervoegsel.Ze zijn geoptimaliseerd om sneller te draaien, afhankelijk van uw beschikbaarhardware, zoals besproken op de Speed packages docpage. De versnelde stijlen nemen dezelfde argumenten en moeten dezelfde resultaten opleveren, behalve voor afrondings-en precisiekwesties.

deze versnelde stijlen maken deel uit van respectievelijk de GPU, USER-INTEL,KOKKOS, USER-OMP en OPT pakketten. Ze zijn alleen ingeschakeld ifLAMMPS werd gebouwd met deze pakketten. Zie de Build package doc pagina voor meer informatie.

u kunt de versnelde stijlen expliciet opgeven in uw invoerscript door hun achtervoegsel op te nemen, of u kunt de opdrachtregelschakelaar-achtervoegsel gebruiken wanneer u LAMMPS aanroept, of u kunt de opdracht suffix gebruiken in uw invoerscript.

zie de documentpagina van Speed packages voor meer instructies over het effectief gebruiken van de versnelde stijlen.