Med Slaget Ved Trafalgar og sammenbruddet av franske håp om invasjon, Cotton tok kommandoen over flere skip stasjonert utenfor Tagus I Portugal. Etter den franske invasjonen av Iberia støttet Cotton det portugisiske forsvaret og deretter hæren Under Sir Arthur Wellesley som kjempet I Slaget Ved Vimeiro. Admiral Cotton, som nylig ble forfremmet, protesterte mot Sintra-Konvensjonen som avsluttet felttoget og nektet å anerkjenne bestemmelsen som tillot den blokkerte russiske skvadronen i Lisboa trygg passasje tilbake til Russland. Cotton opprettholdt blokaden på grunn av innvendinger fra både allierte og fiender, og tvang til slutt den russiske admiralen til å gå med på en revisjon av avtalen der hans skip forble lovlig russiske, men ville bli holdt i en avvæpnet stat i En Britisk havn i Løpet Av Anglo-russiske fiendtligheter.I 1808 forble Cotton utenfor Portugal og arrangerte Lisboa som hovedhavn for Den Britiske invasjonen av Iberia senere samme år. Han planla og utførte også sjøutvinningen av De 30 000 mennene Fra Sir John Moores hær som var fanget i Galicia. Cotton planer tillot en flåte å transportere for å fjerne det store flertallet av hæren etter at de hadde beseiret tett fransk forfølgelse I Slaget Ved Corunna. Sent på året ble Cotton tilbakekalt Til Storbritannia.I 1810 ble Cotton valgt Som Lord Collingwoods erstatter i kommandoen over Middelhavsflåten etter Collingwoods plutselige død. Dette var Den nest mest senior fartøykommandoen I Marinen, Og Cotton fortsatte den tette blokaden av Den franske flåten I Toulon og ekspanderte operasjoner fra havet mot franske tropper som opererte I Sør-Spania. I midten av 1811 ble Cotton kalt tilbake til Storbritannia og tok Kommandoen over Kanalflåten fra Lord Gambier da Sistnevnte trakk seg tilbake. Cotton var i posten bare fem måneder da han den 23. februar 1812 kollapset og døde av apopleksi i Plymouth etter å ha inspisert flåten i vinterkøyer.Cotton etterlot seg sin kone og deres fire barn. Lady Cotton ble født Philadelphia Rowley (født ca 1763 d 1855), datter Av Admiral Sir Joshua Rowley 1st Bt, og barnebarn Av Admiral Av Flåten Sir William Rowley. Rowleyene var allerede et framtredende dynasti i marinen med tre baronetter som ble vunnet av individuelle familiemedlemmer. Cotton giftet Seg Med Philadelphia Rowley i 1798. Av deres fire barn ble Den eldste sønnen Sir St Vincent Cotton, 6. Baronett (1801-1863) i en alder av 10 år. (Han giftet seg bare kort tid før sin død i 1863, og baronetet ble utryddet med sin død i januar 1863). Hans datter Marie Susanna Rowley Senere Lady King (død 1871) var Den andre hustruen Til Viseadmiral Sir Richard King, 2. Bt, fra 1822, og hadde flere barn med ham.Cotton ble gravlagt I Landwade church i Cambridgeshire sammen med sin familie som holdt et minnesmerke for Ham i Madingley. Hans minnesmerke ved den monumentale mason Flaxman ble reist I Cambridgeshire parish church.