Parallell Prefetching For Canonical Ensemble Monte Carlo Simulations

for å muliggjøre store molekylære simuleringer, må algoritmer effektivt utnytte flerkjerneprosessorer som fortsetter å øke i total kjerne teller over tid med relativt stillestående klokkehastigheter. Selv om parallelized molecular dynamics (MD) programvare har tatt nytte av denne trenden i maskinvare, er single-partikkel perturbasjoner Med Monte Carlo (MC) vanskeligere å parallellisere enn system-wide oppdateringer I MD ved hjelp av domene dekomponering. I stedet rekonstruerer prefetching Seriell Markov-kjeden etter å ha beregnet flere MC-forsøk parallelt. Canonical ensemble MC simuleringer Av En Lennard-Jones væske med prefetching resulterte i opp til en faktor på 1,7 speedup ved hjelp av 2 tråder, og en faktor på 3 speedup ved hjelp av 4 tråder. Strategier for å maksimere effektiviteten av forhåndshenting simuleringer er diskutert, inkludert potensielt counterintuitive nytte av redusert aksept sannsynligheter. Bestemmelse av den optimale akseptsannsynligheten for en parallell simulering forenkles ved teoretisk prediksjon fra serielle simuleringsdata. Endelig ble komplett åpen kildekode for parallelle prefetch simuleringer gjort tilgjengelig I FREE Energy And Advance Sampling Simulation Toolkit (FEASST).

Legg igjen en kommentar

Din e-postadresse vil ikke bli publisert.