jeg analyserer Noen Diels-Alder og Povarov reaksjoner VED qm beregninger (DFT, gjort På Jaguar Av Schrodinger). Jeg prøver å vurdere hvert possibile produkt for å samle flere data på forhånd i lys av en mulig asymmetrisk variasjon, så for hver reaksjon har jeg 4 TS (hver med bare en negativ frekvens som involverer de riktige atomer og bekreftet AV IRC):

forhåpentligvis bestemme en isomerisk preferanse.

jeg er alene på denne siden av prosjektet, siden computational PI jeg er i kontakt med hovedsakelig håndterer drug discovery og medchem prosjekter, han er ikke en ekspert PÅ QM beregninger, så i praksis er jeg selvlært. Jeg vil gjerne diskutere noen ting med dere alle:

1. Er min tilnærming riktig i det hele tatt?

2. Er det noen endringer jeg kunne gjøre?

Nå for det virkelige spørsmålet.

jeg prøver å reprodusere de oppnådde eksperimentelle resultatene. Derimot, jeg konsekvent får lavere TS energier fra exo-TSs, mens både endo-TSs har litt høyere energi, mens det bør være den andre veien rundt, siden så vidt jeg vet endo TS bør være den laveste i energi, men føre til thermodinamically mindre stabilt produkt. Jeg leter etter et endo / exo-forhold som spenner fra 3:1 til 7: 1. Er forskjellen for liten til å oppdage beregningsmessig?. Jeg har prøvd noen kombinasjoner AV DFT-funksjonaler, basissett og beregningsforhold, siden reaksjonen er gjort i toluen ved -30°C (4x2x4 = 32):